| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,253,057 | C→T | 37.9% | E1327E (GAG→GAA) | rpoC ← | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,253,057 | 0 | C | T | 37.9% | 44.3 / 55.3 | 56 | E1327E (GAG→GAA) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/21); new base T (13/8); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTCTCTTTCAGGCCGCGCAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGTTGCCAGAGACGCTTTGGTGATACCCAGCAGATCGC > Exported/2252988‑2253127 | gTTCTCTTTCAGACCACGCAGGAAGTCGCGCTTGCCGGTGACCGCCGCCTCGGTGAGGACGCGGGTGGtct > 1:2904359/1‑71 (MQ=255)gTTCTCTTTCAGACCACGCAGGAAGTCGCGCTTGCCGGTGACCGCCGCCTCGGTGAGGACGCGGGTGGtct > 1:3086410/1‑71 (MQ=255)gTTCTCTTTCAGACCACGCAGGAAGTCGCGCTTGCCGGTGACCGCCGCCTCGGTGAGGACGCGGGTGGtct > 1:1357261/1‑71 (MQ=255)gTTCTCTTTCAGACCACGCAGGAAGTCGCGCTTGCCGGTGACCGCCGCCTCGGTGAGGACGCGGGTGGtct > 1:3843741/1‑71 (MQ=255) ctTTCAGGCCGCGCAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTg > 1:118890/1‑70 (MQ=255) ctTTCAGGCCGCGCAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTg > 1:4902793/1‑70 (MQ=255) gCCGCGCAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATg < 1:793870/71‑1 (MQ=255) gCCGCGCAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATg < 1:4869075/71‑1 (MQ=255) gCCGCGCAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATg < 1:3113567/71‑1 (MQ=255) gCCGCGCAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATg < 1:3488794/71‑1 (MQ=255) gCCGCGCAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATg < 1:1438947/71‑1 (MQ=255) gCCGCGCAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATg < 1:153693/71‑1 (MQ=255) ccGCGCAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGc < 1:99208/71‑1 (MQ=255) cgcAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCcgc < 1:3930343/71‑1 (MQ=255) cgcAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCcgc < 1:4151091/71‑1 (MQ=255) tcgtcgCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGAt > 1:446644/1‑71 (MQ=255) gtcgCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGa < 1:3792987/71‑1 (MQ=255) gtcgCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGa < 1:4677691/71‑1 (MQ=255) tggccGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTGTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTc < 1:4065730/67‑1 (MQ=255) gCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCg < 1:1987193/70‑1 (MQ=255) ccGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGtt > 1:1041079/1‑71 (MQ=255) ccGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGtt > 1:4323849/1‑71 (MQ=255) cGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGGCTCCTGGAACGATg < 1:3660481/47‑1 (MQ=255) tCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGTTGCCAGAGACGCttt > 1:3491352/1‑71 (MQ=255) cGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAggt > 1:3801863/1‑48 (MQ=255) cGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGTTGCCAGAGACGCtt < 1:1634887/69‑1 (MQ=255) ggTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGTTGCCAGAGACGCTTTgg < 1:1251468/71‑1 (MQ=255) gTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGTTGCCAGAGACGCTTTGGt > 1:2425062/1‑71 (MQ=255) aGCACGGGGGTGGTTTCCTGGAACGATGCGGCCGAGATGaac < 1:2737307/42‑2 (MQ=255) aGCACGCGGGTGGTTTCCTGGAACGATGCGGCCGAGATGaac < 1:1253965/42‑2 (MQ=255) aGCACGCGGGTGGTTTCCTGGAACGATGCGGCCGAGATGaac < 1:1256645/42‑2 (MQ=255) aGCACGCGGGTGGTTTCCTGGAACGATGCGGCCGAGATGaac < 1:4396902/42‑2 (MQ=255) aGCACGCGGGTGGTTTCCTGGAACGATGCGGCCGAGATGaac < 1:4302292/42‑2 (MQ=255) aGCACGCGGGTGGTTTCCTGGAACGATGCGGCCGAGATGaac < 1:1224086/42‑2 (MQ=255) aGCACGCGGGTGGTTTCCTGGAACGATGCGGCCGAGATGaac < 1:2295718/42‑2 (MQ=255) aGCACGCGGGTGGTTTCCTGGAACGATGCGGCCGAGATGaac < 1:2681639/42‑2 (MQ=255) aGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGTTGCCAGAGACGCTTTGGTGa > 1:3678840/1‑70 (MQ=255) aGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGTTGCCAGAGACGCTTTGGTGa > 1:2187203/1‑70 (MQ=255) aGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGTTGCCAGAGACGCTTTGGTGa > 1:4706076/1‑70 (MQ=255) aGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAACGACTCGGTTGCCa > 1:2363949/1‑55 (MQ=255) gCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGTTGCCAGAGACGCTTTGGTGATa < 1:638836/71‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cACGCGGGTGGTTTCCTGGAACGATGCGGCCGAGATGAACGa > 1:357429/1‑42 (MQ=255) cACGCGGGTGGTTTCCTGGAACGATGCGGCCGAGATGAACGa > 1:2244842/1‑42 (MQ=255) cACGCGGGTGGTTTCCTGGAACGATGCGGCCGAGATGAACGa > 1:2832008/1‑42 (MQ=255) cACGCGGGTGGTTTCCTGGAACGACGCGGCCGAGATGAACGa > 1:4894285/1‑42 (MQ=16) cACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGTTGCCAGAGACGCTTTGGTGATa < 1:2065545/70‑1 (MQ=255) cACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGTTGCCAGAGACGCTTTGGTGATAc > 1:4366853/1‑71 (MQ=255) ctcCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGTTGCCAGAGACGCTTTGGTGATACCCAGCAGATcgc > 1:127303/1‑71 (MQ=255) ctcCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGTTGCCAGAGACGCTTTGGTGATACCCAGCAGATcgc > 1:1149570/1‑71 (MQ=255) | GTTCTCTTTCAGGCCGCGCAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGTTGCCAGAGACGCTTTGGTGATACCCAGCAGATCGC > Exported/2252988‑2253127 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |