Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | DH1 | 3,869,474 | 0 | T | C | 52.4% | 60.8 / inf | 478 | K523E (AAA→GAA) | thrA | bifunctional aspartate kinase/homoserine dehydrogenase I |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (119/108); new base C (125/125); total (244/234) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.51e-02 |
Only 100 of 496 total aligned reads displayed.
GAAACCTTCGCGCAGGAAGTCGGCATATTGATCCGCCACTGCCTGGCTGGAAGTGCAGTCAACAATGACCGGGTTCAGCAGATGATATTCTTTCACGAGGCGAATTAAGCGCCCGAGATTAAACGGCTCTTTGGCTTGCGCCAGTTCTTTCTGCCAGTTTTCCAGATTAAGGCCATGTACATTGGTGAGCAGAGCCTTCGAGTTGGCAACACCGCAGACACGTAAGTCGATATGTTTATTCTTCAGCCAGCTTTGCTGACGCTTCAGTTGCTCCAGCAGCGCACCGCCAACGCCACCG > DH1/3869325‑3869622 | aaaCCTTCGCGCAGGAAGTCGGCATATTGATCCGCCACTGCCTGGCTGGAAGTGCAGTCAACAATGACCGGGTTCAGCAGATGATATTCTTTCACGAGGCGAATTAAGCGCCCGAGATTAAACGGCTCTTTGGCTTGCGCCAGttcttcct < 8:1184552/151‑1 (MQ=255) aaCCTTCGCGCAGGAAGTCGGCATATTGATCCGCCACTGCCTGGCTGGAAGTGCAGTCAACAATGACCGGGTTCAGCAGATGATATTCTTTCACGAGGCGAATTAAGCGCCCGAGATTAAACGGCTCTTTGGCTTGCGCCAGTTCTTCCTg > 4:322737/1‑151 (MQ=255) ccTTCGCGCAGGAAGTCGGCATATTGATCCGCCACTGCCTGGCTGGAAGTGCAGTCAACAATGACCGGGTTCAGCAGATGATATTCTTTCACGAGGCGAATTAAGCGCCCGAGATTAAACGGCTCTTTGGCTTGCGCCAGTTCTTCCTGcc > 1:937857/1‑151 (MQ=255) 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aGTCGGCATATTGATCCGCCACTGCCTGGCTGGAAGTGCAGTCAACAATGACCGGGTTCAGCAGATGATATTCTTTCACGAGGCGAATTAAGCGCCCGAGATTAAACGGCTCTTTGGCTTGCGCCAGTTCTTCCTGCCAGTTTTCCAGAtt < 6:45998/151‑1 (MQ=255) gTCGGCATATTGATCCGCCACTGCCTGGCTGGAAGTGCAGTCAACAATGACCGGGTTCAGCAGATGATATTCTTTCACGAGGCGAATTAAGCGCCCGAGATTAAACGGCTCTTTGGCTTGCGCCAGTTCTTTCTGCCAGTTTTCCAGAtt > 4:772895/1‑150 (MQ=255) cGGCATATTGATCCGCCACTGCCTGGCTGGAAGTGCAGTCAACAATGACCGGGTTCAGCAGATGATATTCTTTCACGAGGCGAATTAAGCGCCCGAGATTAAACGGCTCTTTGGCTTGCGCCAGTTCTTTCTGCCAGTTTTCCAGATTaa < 3:511629/150‑1 (MQ=255) ggCATATTGATCCGCCACTGCCTGGCTGGAAGTGCAGTCAACAATGACCGGGTTCAGCAGATGATATTCTTTCACGAGGCGAATTAAGCGCCCGAGATTAAACGGCTCTTTGGCTTGCGCCAGTTCTTCCTGCCAGTTTTCCAGATTAAgg > 6:113190/1‑151 (MQ=255) atatTGATCCGCCACTGCCTGGCTGGAAGTGCAGTCAACAATGACCGGGTTCAGCAGATGATATTCTTTCACGAGGCGAATTAAGCGCCCGAGATTAAACGGCTCTTTGGCTTGCGCCAGTTCTTTCTGCCAGTTTTCCAGATTAAGGcc > 6:1235318/1‑150 (MQ=255) tatTGATCCGCCACTGCCTGGCTGGAAGTGCAGTCAACAATGACCGGGTTCAGCAGATGATATTCTTTCACGAGGCGAATTAAGCGCCCGAGATTAAACGGCTCTTTGGCTTGCGCCAGTTCTTCCTGCCAGTTTTCCAGATTAAGGCCAt > 5:1859938/1‑151 (MQ=255) gATCCGCCACTGCCTGGCTGGAAGTGCAGTCAACAATGACCGGGTTCAGCAGATGATATTCTTTCACGAGGCGAATTAAGCGCCCGAGATTAAACGGCTCTTTGGCTTGCGCCAGTTCTTCCTGCCAGTTTTCCAGATTAAGGCCATGTa < 2:23788/150‑1 (MQ=255) aTCCGCCACTGCCTGGCTGGAAGTGCAGTCAACAATGACCGGGTTCAGCAGATGATATTCTTTCACGAGGCGAATTAAGCGCCCGAGATTAAACGGCTCTTTGGCTTGCGCCAGTTCTTTCTGCCAGTTTTCCAGATTAAGGCCATGTAc > 4:1841533/1‑150 (MQ=255) gcggcACTGCCTGGCTGGAAGTGCAGTCAACAATGACCGGGTTCAGCAGATGATATTCTTTCACGAGGCGAATTAAGCGCCCGAGATTAAACGGCTCTTTGGCTTGCGCCAGTTCTTCCTGCCAGTTTTCCAGATTAAGGCCATGTACAt < 1:625103/146‑1 (MQ=255) ccGCCACTGCCTGGCTGGAAGTGCAGTCAACAATGACCGGGTTCAGCAGATGATATTCTTTCACGAGGCGAATTAAGCGCCCGAGATTAAACGGCTCTTTGGCTTGCGCCAGTTCTTTCTGCCAGTTTTCCAGATTAAGGCCATGTACAtt > 8:724652/1‑151 (MQ=255) 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tttGGCTTGCGCCAGTTCTTCCTGCCAGTTTTCCAGATTAAGGCCATGTACATTGGTGAGCAGAGCCTTCGAGTTGGCAACACCGCAGACACGTAAGTCGATATGTTTATTCTTCAGCCAGCTTTGCTGACGCTTCAGTTGCTCCagcagc > 4:1486524/1‑151 (MQ=255) ttGGCTTGCGCCAGTTCTTCCTGCCAGTTTTCCAGATTAAGGCCATGTACATTGGTGAGCAGAGCCTTCGAGTTGGCAACACCGCAGACACGTAAGTCGATATGTTTATTCTTCAGCCAGCTTTGCTGACGCTTCAGTTGCTCCagcagc < 6:800144/150‑1 (MQ=255) ttGGCTTGCGCCAGTTCTTCCTGCCAGTTTTCCAGATTAAGGCCATGTACATTGGTGAGCAGAGCCTTCGAGTTGGCAACACCGCAGACACGTAAGTCGATATGTTTATTCTTCAGCCAGCTTTGCTGACGCTTCAGTTGCTCCagcagc < 3:383429/150‑1 (MQ=255) ggCTTGCGCCAGTTCTTTCTGCCAGTTTTCCAGATTAAGGCCATGTACATTGGTGAGCAGAGCCTTCGAGTTGGCAACACCGCAGACACGTAAGTCGATATGTTTATTCTTCAGCCAGCTTTGCTGACGCTTCAGTTGCTCCAGCAGCGCa < 7:175936/151‑1 (MQ=255) cgcCAGTTCTTTCTGCCAGTTTTCCAGATTAAGGCCATGTACATTGGTGAGCAGAGCCTTCGAGTTGGCAACACCGCAGACACGTAAGTCGATATGTTTATTCTTCAGCCAGCTTTGCTGACGCTTCAGTTGCTCCAGCAGCGCACCGCCa < 8:1775852/151‑1 (MQ=255) 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cAGTTCTTCCTGCCAGTTTTCCAGATTAAGGCCATGTACATTGGTGAGCAGAGCCTTCGAGTTGGCAACACCGCAGACACGTAAGTCGATATGTTTATTCTTCAGCCAGCTTTGCTGACGCTTCAGTTGCTCCAGCAGCGCACCGCCAACg > 2:473477/1‑151 (MQ=255) tctttctGCCAGTTTTCCAGATTAAGGCCATGTACATTGGTGAGCAGAGCCTTCGAGTTGGCAACACCGCAGACACGTAAGTCGATATGTTTATTCTTCAGCCAGCTTTGCTGACGCTTCAGTTGCTCCAGCAGCGCACCGCCAACGCCAc > 3:1231579/1‑151 (MQ=255) | GAAACCTTCGCGCAGGAAGTCGGCATATTGATCCGCCACTGCCTGGCTGGAAGTGCAGTCAACAATGACCGGGTTCAGCAGATGATATTCTTTCACGAGGCGAATTAAGCGCCCGAGATTAAACGGCTCTTTGGCTTGCGCCAGTTCTTTCTGCCAGTTTTCCAGATTAAGGCCATGTACATTGGTGAGCAGAGCCTTCGAGTTGGCAACACCGCAGACACGTAAGTCGATATGTTTATTCTTCAGCCAGCTTTGCTGACGCTTCAGTTGCTCCAGCAGCGCACCGCCAACGCCACCG > DH1/3869325‑3869622 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |