| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| MC JC | DH1 | 2,201,912 | Δ3,035 bp | [pntA]–tqsA | [pntA], pntB, tqsA | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | DH1 | 2201912 | 2204946 | 3035 | 332 [8] | [5] 329 | [pntA]–tqsA | [pntA], pntB, tqsA |
| New junction evidence | |||||||||||
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| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | DH1 | = 2201911 | 8 (0.020) | 321 (0.980) | 190/300 | 0.1 | 98.0% | coding (1337/1533 nt) | pntA | NAD(P) transhydrogenase subunit alpha |
| ? | DH1 | 2204947 = | 5 (0.020) | intergenic (‑382/‑30) | tqsA/mdtJ | AI‑2 transporter TqsA/spermidine export protein MdtJ | |||||
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ACATTTACCCATCTTCGTACCTCATCCACTATCTTGCTCGTAGGTGAGCAGCACTGGCGCAACGCGCTTTAGTCCTTTCTTCTGCCAAAGCTTGCGCTATGCGCGGGGCTTGACCACTTTACTTTGGTTTCGCTGAATTAAGCGAAAATTAAAATAATTCTCTTGCAGGAGAAGGACAATGTATATTTATTGGATTTTATTAGGTCTGGCTATTGCTACAGAAATTACCGGTACGCTGTCAATGAAATGGGCGAGCGTCAGTGAGGGAAATGGCGGCTTTATTTTAATGCTGGTGATG > DH1/2204799‑2205096 | gctcaccgtggcgtaaatacgcgttgatggcgctggcaatcattctttttggctggatggcaagcgttgcgccgaaagaattccttgggcacttcaccgttttcgcgctggcctgcgttgtcggttattacgtggtgtggaatgtatctt > 1:101137‑M2/149‑150 (MQ=255)gctcaccgtggcgtaaatacgcgttgatggcgctggcaatcattctttttggctggatggcaagcgttgcgccgaaagaattccttgggcacttcaccgttttcgcgctggcctgcgttgtcggttattacgtggtgtggaatgtatcTTa < 4:549072‑M2/3‑1 (MQ=255) ctcaccgtggcgtaaatacgcgttgatggcgctggcaatcattctttttggctggatggcaagcgttgcgccgaaagaattccttgggcacttcaccgttttcgcgctggcctgcgttgtcggttattacgtggtgtggaatgtatcTTa > 6:264356‑M2/148‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |