| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | DH1 | 225,117 | Δ1 bp :: repeat_region (–) +9 bp :: Δ4 bp | coding (273‑281/528 nt) | gadE ← | transcriptional regulator GadE |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | DH1 | 225117 = | 4 (0.010) | 563 (1.070) | 249/300 | 0.0 | 99.2% | coding (281/528 nt) | gadE | transcriptional regulator GadE |
| ? | DH1 | 299568 = | NA (NA) | noncoding (5/773 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
| * | ? | DH1 | = 225125 | 4 (0.010) | 577 (1.100) | 249/300 | 0.0 | 99.3% | coding (273/528 nt) | gadE | transcriptional regulator GadE |
| ? | DH1 | = 300335 | NA (NA) | noncoding (772/773 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
Only 100 of 585 total aligned reads displayed.
GCATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATT > DH1/299418‑299715 | gCATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCg < 1:759314/151‑1 (MQ=255) cATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCgg > 6:1406263/1‑151 (MQ=255) cATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCgg > 3:1524181/1‑151 (MQ=255) 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ttGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAt < 5:876818/150‑1 (MQ=255) tGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAtt < 4:274961/150‑1 (MQ=255) tttCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGa < 6:1680819/150‑1 (MQ=255) ttCCTTTTGATTATTATGATCAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGAt > 1:1226534/1‑150 (MQ=255) ttCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTATTGACTCCAACTTATTGAtt > 6:348251/1‑150 (MQ=255) 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aaTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCt < 7:1203718/150‑1 (MQ=255) aaTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTc > 2:595821/1‑151 (MQ=255) tttCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTc > 4:1977958/1‑149 (MQ=255) ttCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTc > 2:1494494/1‑148 (MQ=255) cAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGCCAGCGCCTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGAtt > 5:1982232/1‑151 (MQ=255) 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tGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAAt > 4:71624/1‑151 (MQ=31) gTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGCTGCTGACTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAAtt > 5:1054360/1‑151 (MQ=11) | GCATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATT > DH1/299418‑299715 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |