| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | DH1 | 1,779,915 | G→A | E54E (GAG→GAA) | wzzB → | chain length determinant protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 1,779,915 | 0 | G | A | 98.2% | 1637.5 / 9.6 | 451 | E54E (GAG→GAA) | wzzB | chain length determinant protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/6); new base A (218/224); total (220/231) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 456 total aligned reads displayed.
ATAATAATGTTTCTGGGCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAGAAATGGACGTCAACAGCAATTATCACTCAGCCCGACGTGGGGCAAATTGCTGGCTATAACAATGCCATGAATGTTATCTATGGTCAGGCTGCACCGAAAGTATCGGATTTGCAGGAGACGTTAATTGGTCGCTTCAGTTCTGCCTTC > DH1/1779767‑1780062 | atactaatGTTTCTGGGCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGAGTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACACTCATCATTTGCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGaaaa < 8:840835/151‑1 (MQ=255) atGTTTCTGGGCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGAc < 7:258987/151‑1 (MQ=255) atGTTTCTGGGCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGAc < 3:1164446/151‑1 (MQ=255) tGTTTCTGGGCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGACg > 4:179889/1‑151 (MQ=255) gggCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGACGTCAACAg < 4:1005767/151‑1 (MQ=255) gCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTAGTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGACGTCAACAGCa < 8:1629418/151‑1 (MQ=255) cAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGACGTCAACAGCa > 1:1035154/1‑150 (MQ=255) cAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGACGTCAACAGCa > 8:1342734/1‑150 (MQ=255) cAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGACGTCAACAGCa > 8:609937/1‑150 (MQ=255) aaaaCCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGACGTCAACAGCAAt > 3:734309/1‑151 (MQ=255) aaaaCCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGACGTCAACAGCAAt < 3:1052078/151‑1 (MQ=255) aaaCCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGACGTCAACAGCAAtt > 7:1179359/1‑151 (MQ=255) aaaCCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGACGTCAACAGCAAtt < 4:212518/151‑1 (MQ=255) 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gatttACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGACGTCAACAGCAATTATCACTCAGCCCGACGTGGGGCAAATTGCTg < 5:1850149/151‑1 (MQ=255) gatttACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGACGTCAACAGCAATTATCACTCAGCCCGACGTGGGGCAAATTGCTg > 3:1039447/1‑151 (MQ=255) atttACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGACGTCAACAGCAATTATCACTCAGCCCGACGTGGGGCAAATTGCTgg < 3:1388297/151‑1 (MQ=255) aCTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGACGTCAACAGCAATTATCACTCAGCCCGACGTGGGGCAAATTGCTGGCtat < 7:1012525/151‑1 (MQ=255) aCTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGACGTCAACAGCAATTATCACTCAGCCCGACGTGGGGCAAATTGCTGGCta < 6:318549/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |