| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | DH1 | 1,768,973 | C→T | T168I (ACA→ATA) | wzxB → | polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 1,768,973 | 0 | C | T | 98.7% | 1664.4 / 4.3 | 449 | T168I (ACA→ATA) | wzxB | polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/4); new base T (223/220); total (225/224) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 454 total aligned reads displayed.
TTATATGGTCGTTTGTTCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACACAAAGTCAGATATAGCAATTGCCGGTTTTATTCAGTCAAGTGCAAATCTGGTTGCTGGAATTATTGCACTAGCTATCGTTGTTCATGAAGGTTGGATTGGTAAAGTTACGCTATCATTACATAATGTGCGTCGATCTTTAGCAGACGGTTT > DH1/1768826‑1769123 | tataTGGTCGTTTGTTCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATTAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTAATATACCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATaaat > 3:1682332/1‑150 (MQ=255) atatGGTCGTTTGTTCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATAAAGt < 1:1420615/151‑1 (MQ=255) tatGGTCGTTTGTTCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATAAAGt > 7:1645416/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |