| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | DH1 | 4,199,771 | T→G | V98G (GTT→GGT) | phnP → | phosphoribosyl 1,2‑cyclic phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 4,199,771 | 0 | T | G | 99.1% | 2044.0 / ‑3.3 | 528 | V98G (GTT→GGT) | phnP | phosphoribosyl 1,2‑cyclic phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/2); new base G (266/257); total (269/259) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 533 total aligned reads displayed.
GCAATCACCCTGATCGACGCCGGGCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGTTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATCCGGGCCTGCTTGATTTCAGCCACACGGTGGAACCGTTTGTGGTGTTTGATTTGCAGGGGTTACAGGTCACGCCCCTGCCGCTCAACCACTCAAAACTGAC > DH1/4199623‑4199918 | cAATCACCCTGATCGACGCCGGGCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTa < 5:599897/151‑1 (MQ=255) aaTCACCCTGATCGACGCCGGGCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTAc > 3:1048540/1‑151 (MQ=255) aaTCACCCTGATCGACGCCGGGCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTAc < 1:1263559/151‑1 (MQ=255) aTCACCCTGATCGACGCCGGGCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACg < 7:1404525/151‑1 (MQ=255) aCCCTGATCGACGCCGGGCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGcc > 4:783209/1‑151 (MQ=255) cccTGATCGACGCCGGGCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGccc < 3:1461664/151‑1 (MQ=255) cTGATCGACGCCGGGCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCccgc > 5:1364936/1‑151 (MQ=255) gATCGACGCCGGGCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCccgccc > 4:1580894/1‑150 (MQ=255) aTCGACGCCGGGCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCgg < 2:640757/151‑1 (MQ=255) gACGCCGGGCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATg > 6:1084073/1‑151 (MQ=255) cGCCGGGCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGaa < 6:303399/151‑1 (MQ=255) cGCCGGGCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGaa < 5:1631544/151‑1 (MQ=255) ccGGGCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACa < 2:1275535/151‑1 (MQ=255) ccGGGCTGCACGATCTCGCCGAGCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACa < 3:291735/151‑1 (MQ=255) cGGGCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAAc > 5:1693633/1‑149 (MQ=255) gggCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAgg < 7:1702833/151‑1 (MQ=255) gCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTg < 4:404155/150‑1 (MQ=255) gcGCCGAGCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGGCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCt < 4:190936/150‑1 (MQ=255) cGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGcgacg < 2:179590/146‑1 (MQ=255) cGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGcgac < 8:1727100/145‑1 (MQ=255) cGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTg < 2:386487/151‑1 (MQ=255) cGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTg < 2:862448/151‑1 (MQ=255) gCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCACGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGAGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACACGGCTGCGACGATATGt > 2:570723/1‑151 (MQ=255) 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gCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAAc > 7:1830464/1‑150 (MQ=255) ggTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACAt < 2:99710/149‑1 (MQ=255) ggTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATcc < 6:824918/151‑1 (MQ=255) ggcGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATCCg < 4:135486/149‑1 (MQ=255) gTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATCCg > 2:775267/1‑151 (MQ=255) 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ttATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATCCGGGCCTGCTTGATTTCAGCCACACGGTGGAACCGttt > 1:1397550/1‑151 (MQ=255) tATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATCCGGGCCTGCTTGATTTCAGCCACACGGTGGAACCGTTtg > 3:98410/1‑151 (MQ=255) tATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATCCGGGCCTGCTTGATTTCAGCCACACGGTGGAACCGTTtg > 1:1012140/1‑151 (MQ=255) aTCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATCCGGGCCTGCTTGATTTCAGCCACACGGTGGAACCGTTtgt < 3:379761/151‑1 (MQ=255) aTCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATCCGGGCCTGCTTGATTTCAGCCACACGGTGGAACCGTTtg < 8:1043532/150‑1 (MQ=255) 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ccGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATCCGGGCCTGCTTGATTTCAGCCACACGGTGGAACCGTTTGTGGTGTTTGATTTGCAGGGGTTACAGGTCa < 1:601141/151‑1 (MQ=255) gctgcgctgGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATCCGGGCCTGCTTGATTTCAGCCACACGGTGGAACCGTTTGTGGTGTTTGATTTGCAGGGGTTACAGGTCACg > 1:982309/1‑151 (MQ=255) gggCGTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATCCGGGCCTGCTTGATTTCAGCCACACGGTGGAACCGTTTGTGGTGTTTGATTTGCAGGGGTTACAGGTCACGCCCCTGCCg > 6:435470/1‑151 (MQ=255) gTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATCCGGGCCTGCTTGATTTCAGCCACACGGTGGAACCGTTTGTGGTGTTTGATTTGCAGGGGTTACAGGTCACGCCCCTGCCGCTcc > 6:1370704/1‑150 (MQ=255) gTTGGCGATCCGATCCCGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATCCGGGCCTGCTTGATTTCAGCCACACGGTGGAACCGTTTGTGGTGTTTGATTTGCAGGGGTTACAGGTCACGCCCCTGCCGCTc > 5:905830/1‑150 (MQ=255) 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cGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATCCGGGCCTGCTTGATTTCAGCCACACGGTGGAACCGTTTGTGGTGTTTGATTTGCAGGGGTTACAGGTCACGCCCCTGCCGCTCAACCACTCAAAACTGAc > 2:1616793/1‑151 (MQ=255) cGGGTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATCCGGGCCTGCTTGATTTCAGCCACACGGTGGAACCGTTTGTGGTGTTTGATTTGCAGGGGTTACAGGTCACGCCCCTGCCGCTCAACCACTCAAAACTGAc > 6:1550526/1‑151 (MQ=255) | GCAATCACCCTGATCGACGCCGGGCTGCACGATCTCGCCGATCGCTGGTCGCCCGGATCGTTCCAGCAGTTTTTGCTGACGCATTATCATATGGATCACGTCCAGGGGCTGTTTCCGCTGCGCTGGGGCGTTGGCGATCCGATCCCGGTTTACGGCCCGCCGGATGAACAGGGCTGCGACGATCTGTTTAAACATCCGGGCCTGCTTGATTTCAGCCACACGGTGGAACCGTTTGTGGTGTTTGATTTGCAGGGGTTACAGGTCACGCCCCTGCCGCTCAACCACTCAAAACTGAC > DH1/4199623‑4199918 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |