| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 2,764,695 | 0 | A | T | 78.0% | 798.2 / 204.4 | 366 | T149T (ACA→ACT) | mdtG | multidrug resistance protein MdtG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/38); new base T (137/146); total (181/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 373 total aligned reads displayed.
TGATGGGGCTGGCACAAAATATCTGGCAGTTTTTGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACAGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCATCAGAGAAAAATTCCAGCCG > DH1/2764547‑2764845 | tGATGGGGCTGGCACAAAATATCTGGCAGTTTTTGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTACCCAACGCTAATGCTATTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCAGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTgg > 3:273306/1‑151 (MQ=255) aTGGGGCTGGCACAAAATATCTGGCAGTTTTTGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTggcg > 5:383408/1‑151 (MQ=255) cTGGCACAAAATATCTGGCAGTTTTTGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGCCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTCGCGGCGtt > 2:1261599/1‑150 (MQ=255) ggCACAAAATATCTGGCAGTTTTTGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTa < 3:1244501/149‑1 (MQ=255) ggCACAAAATATCTGGCAGTTTTTGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTa < 5:920711/149‑1 (MQ=255) ggCACAAAATATCTGGCAGTTTTTGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAgt > 8:1774017/1‑151 (MQ=255) gCACAAAATATCTGGCAGTTTTTGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGAGTTActg > 2:1376167/1‑151 (MQ=255) aaaaTATCTGGCAGTTTTTGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTGCCCAACGCTAATGGTCTTATCGCCACACAAGTACCCGGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTAAGCTCTCCACACGCGGGGTTAgtggtgg > 8:53906/1‑150 (MQ=255) aaaaTATCTGGCAGTTTTTGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACAGGCGGCGTTAGTGGTGc < 2:1530885/151‑1 (MQ=255) atCTGGCAGTTTTTGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGATAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTg < 7:422917/150‑1 (MQ=255) cTGGCAGTTTTTGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTc > 3:53148/1‑151 (MQ=255) ggCAGTTTTTGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCt < 1:700914/148‑1 (MQ=255) ggCAGTTTTTGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACAGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCt < 1:1783398/148‑1 (MQ=255) tttttGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACAGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCa > 3:1540140/1‑150 (MQ=255) tttGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAAtg > 4:1524221/1‑151 (MQ=255) ttGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAAtg < 3:1332313/150‑1 (MQ=255) ttGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAAtg < 5:344479/150‑1 (MQ=255) tGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACAGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAAtggg > 7:634020/1‑150 (MQ=255) ccTGCGGGCGCTTCTTGTGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACTCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAAtggctgg < 2:87073/150‑1 (MQ=255) gCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTggcg < 3:1762293/149‑1 (MQ=255) gCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTggcg < 6:17293/149‑1 (MQ=255) cGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGcc > 7:440637/1‑151 (MQ=255) gggCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACAGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCt > 1:372245/1‑151 (MQ=255) ggCGCTTCTTGGGGTACTTGGGGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTg < 6:599144/151‑1 (MQ=255) gcTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACAGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTc < 4:353178/151‑1 (MQ=255) gcTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCCCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTc < 3:801622/151‑1 (MQ=255) ttcttGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCTTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACAGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGc > 4:237616/1‑151 (MQ=255) ttcttGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGc > 6:1275287/1‑151 (MQ=255) tGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACAGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGcc < 3:1638852/148‑1 (MQ=255) gggTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGAt < 5:1190728/150‑1 (MQ=255) ggTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGAt > 2:1015027/1‑149 (MQ=255) tACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGAGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGTCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCt > 3:846473/1‑150 (MQ=255) aCTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTa < 8:941291/150‑1 (MQ=255) 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cTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGttt > 5:1461056/1‑151 (MQ=255) cgcTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCAt < 4:478752/151‑1 (MQ=255) cgcTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCAt < 5:1739820/151‑1 (MQ=255) cgcTGGGTACGCTCTCCACAGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCAt < 3:1027285/151‑1 (MQ=255) gcTGGGTACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCATc > 1:1478921/1‑151 (MQ=255) 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gggTACGCTCTCCACAGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCATCag < 8:1370209/150‑1 (MQ=255) gTACGCTCTCCACAGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCATCAgaga < 7:1055179/151‑1 (MQ=255) tACGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCATCAgaga > 3:748744/1‑150 (MQ=255) aCGCTCTCGAGTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCATCAGAGaaa < 7:229989/151‑1 (MQ=255) aCGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCATCAGAGaa < 4:670194/150‑1 (MQ=255) aCGCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCATCAGAGaa < 6:539276/150‑1 (MQ=255) aCGCTCTCCACAGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCATCAGAGaaa < 1:800719/151‑1 (MQ=255) gCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCATCAGAGaaaaa < 2:1178562/151‑1 (MQ=255) gCTCTCCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCGCCCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCATCAGAGaaaaa < 6:1066789/151‑1 (MQ=255) gtctcCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCATCAGAGAAAAAt < 8:80043/150‑1 (MQ=255) ctcCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCATCAGAGAAAAAt < 5:1044054/149‑1 (MQ=255) tcCACTGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCATCAGAGAAAAATTcc > 4:1369902/1‑151 (MQ=255) | TGATGGGGCTGGCACAAAATATCTGGCAGTTTTTGATCCTGCGGGCGCTTCTTGGGTTACTTGGCGGATTTGTCCCCAACGCTAATGCTCTTATCGCCACACAAGTACCGCGTAATAAAAGCGGCTGGGCGCTGGGTACGCTCTCCACAGGCGGCGTTAGTGGTGCGTTGCTCGGCCCAATGGCTGGCGGCCTGCTCGCCGATAGCTACGGCTTACGTCCGGTATTCTTTATTACCGCCAGTGTGCTCATACTCTGCTTTTTCGTCACCCTGTTTTGCATCAGAGAAAAATTCCAGCCG > DH1/2764547‑2764845 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |