| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | DH1 | 175,816 | T→G | intergenic (+110/‑242) | ECDH1_RS00860 → / → dppA | hypothetical protein/periplasmic dipeptide transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 175,816 | 0 | T | G | 82.3% | 45.1 / 3.7 | 17 | intergenic (+110/‑242) | ECDH1_RS00860/dppA | hypothetical protein/periplasmic dipeptide transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base G (8/6); total (9/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
ATCCACCTTTTCCTCAGATTTTTTTCATTAAATGCATAAAACTTAATCACCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTTTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACATTCTGTTGACAGATTGTAGGTCACGAGGGGCATTTTATGGAGGATCCGCACTGTTACACTG > DH1/175668‑175931 | atCCACCTTTTTCTCAGATTTTTTTCATTAAATGCATAAAACTTAATCACCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCtttgtgtg > 8:326857/1‑151 (MQ=255) cAGATTTTTTTCATTAAATGCATAAAACTTAATCACCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTTTGTGGATTCTCACCGt > 4:17865/1‑151 (MQ=255) cAGATTTTTTTCATTAAATGCATAAAACTTAATCACCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCg < 6:1041023/150‑1 (MQ=255) tttttttCATTAAATGCATAAAACTTAATCACCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGgt > 8:1259453/1‑151 (MQ=255) ttttCATTAAATGCATAAAACTTAATCACGAAATGTTGGTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTTTGTGGATTCTCACCGTTGgtgt < 6:872921/150‑1 (MQ=255) aaaTGCATAAAACTTAATCACCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCg < 4:1231211/150‑1 (MQ=255) gCATAAAACTTAATCACCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTCGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTgg > 1:748555/1‑151 (MQ=255) aTAAAACTTAATCACCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTgggt > 4:767332/1‑149 (MQ=255) aTAAAACTTAATCACCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCt > 3:333400/1‑151 (MQ=255) aCCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGGCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGtttt < 4:830339/151‑1 (MQ=255) cAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTca < 5:1344199/151‑1 (MQ=255) tGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTTTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACAtt > 1:377565/1‑151 (MQ=255) atatTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACATTCTGTTGACa < 3:241841/151‑1 (MQ=255) tatTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACATTCTGTTGAc > 7:645106/1‑149 (MQ=255) tAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCACGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACATTCTGTTGACAGATTGTAGGTCACGAGGGGCATTTTATggagg > 8:33806/1‑151 (MQ=255) acaAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACATTCTGTTGACAGATTGTAGGTCACGAGGGGCATTTTATGGAGGATcc > 2:222153/1‑151 (MQ=255) aTTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTTTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACATTCTGTTGACAGATTGTAGGTCACGAGGGGCATTTTATGGAGGATCCGCAc < 3:17892/151‑1 (MQ=255) gcAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACATTCTGTTGACAGATTGTAGGTCACGAGGGGCATTTTATGGAGGATCCGCACTGTTACACTg < 7:327009/150‑1 (MQ=255) | ATCCACCTTTTCCTCAGATTTTTTTCATTAAATGCATAAAACTTAATCACCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTTTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACATTCTGTTGACAGATTGTAGGTCACGAGGGGCATTTTATGGAGGATCCGCACTGTTACACTG > DH1/175668‑175931 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |