| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,187,597 | C→T | 92.0% | P750L (CCG→CTG) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,187,597 | 0 | C | T | 92.0% | 351.3 / 14.3 | 130 | P750L (CCG→CTG) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/6); new base T (53/64); total (59/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
CAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGT > NC_000913/4187452‑4187742 | cAAACGGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCTGGa < 1:992111/149‑1 (MQ=255) aaaCTGAAACCGTGATTAACCGCGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGATTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCTGGAt < 2:783747/149‑1 (MQ=255) aCTGAAGCCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGCTGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTCGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCTGGATgg < 2:811984/149‑1 (MQ=255) aCTGAAACCGTGATTAACCGTGAAGGTCGGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGTTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATgg > 1:951816/1‑149 (MQ=255) ctcaacccGTGATTAACCGTGACGGGCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGACTCGTCAGCGTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCTGGATGGc < 1:926848/143‑1 (MQ=255) gAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCTGGATGGCTc < 1:1306761/149‑1 (MQ=255) gTGATTACCCGGGACCGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCTGGATGGCTCcatcat < 1:1269215/149‑1 (MQ=255) gTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCTGGATGGCTCcatcat < 2:598698/149‑1 (MQ=255) gTGATTAACCGTGACGGGCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTCCATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCTGGATGGCTCcatcat < 2:761003/149‑1 (MQ=255) 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gTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCTGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCg > 1:1221643/1‑149 (MQ=255) tATGCGTGGGCTGATGGCGAAGCTGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAACCTGCGa > 2:857146/1‑149 (MQ=255) aTGCGTGGTCTGATGGCGAAGCTGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGaa < 2:1294296/149‑1 (MQ=255) gagTGGTCGGACGGCGAAGCTGGATGGCTCCATCACCGACACGCCCGTAACCGTGACCTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTCCTTCATCTCCTCCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACt < 2:417301/147‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGATGGCGAAGCTGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGCACTc > 2:259147/1‑149 (MQ=255) cGTGGTCTGATGGCGAAGCTGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTc > 2:354985/1‑149 (MQ=255) gTCTGATGGCGAAGCTGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCAGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACACCGGt > 1:455076/1‑149 (MQ=255) tgctGGCGAGGGTGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAACCACCGCGAACTTCCGGGAAGGTCTTAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTAc < 2:18601/146‑1 (MQ=255) tGATGGCGAAGCTGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTAc < 1:794833/149‑1 (MQ=255) gATGGCGAAGCTGGATGGCTCCATCATCGAAACGCTAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGTGGATACCGCTCTGAAAACTGCGAACTCCGGTTAcc < 1:812724/149‑1 (MQ=255) aTGGCGAAGCTGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCt < 1:15360/149‑1 (MQ=255) aTGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAGGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGGACTCCGAGTACCt > 2:71717/1‑149 (MQ=255) tGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTg > 1:872080/1‑149 (MQ=255) ggCGAAGCTGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTCCCTGa > 2:1167892/1‑149 (MQ=255) ggCCAAGCCGGATGGCTCCAGCACCGAACCGCCAATCACCGCGATCTTCCGTGCAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTGCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGa < 2:29859/149‑1 (MQ=255) gCGAAGCTGGCTGGCTTCATCATCGACACGTCAATCCCCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGAc < 1:1090360/149‑1 (MQ=255) gAAGCTGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCGGACtc > 1:1045803/1‑149 (MQ=255) aaGCAGGATGACTCCAACATCGAAACCCCAATCACCGCAAACTACCCTGATGCTCCGAACGTACTCCAGTACTTCACCTCCCCCCACAGTGCCCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACtcg < 2:836299/149‑1 (MQ=255) aGCTGGATGGCTCCCTCATCGACCCGCCAATCCCCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACtcgt < 1:864532/149‑1 (MQ=255) aGCTGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACtcgt > 1:1367126/1‑149 (MQ=255) | CAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGT > NC_000913/4187452‑4187742 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |