| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3186094 = | NA (NA) | 105 (1.240) | 75/296 | 0.1 | 94.6% | intergenic (+6/‑91) | yqiG/insC1 | pseudogene; fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative membrane protein/IS2 repressor TnpA |
| ? | NC_000913 | 3485933 = | 6 (0.070) | intergenic (‑117/‑185) | yhfA/crp | OsmC family protein/cAMP‑activated global transcription factor, mediator of catabolite repression | |||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
AACCCTTCGACCCACTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCGTTATCT > NC_000913/3485785‑3486080 | aaCCCTTCGACCCCCTTCACTCGCGCCTGCATTCGTGCTTCGCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGc < 1:258943/149‑1 (MQ=255) atcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactcgtctaaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctact > 1:807948‑M2/148‑149 (MQ=255) atcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctact > 2:1236517‑M2/148‑149 (MQ=255) tcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctacta > 2:933838‑M2/147‑149 (MQ=255) atcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctactt > 2:430285‑M2/147‑148 (MQ=255) cttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctactta > 1:74104‑M2/146‑147 (MQ=255) ccTTCGACCCACTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTAt > 2:1066059/1‑149 (MQ=255) ttttcctgtgtggtacgacgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctgaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctagagattccgggggccggtatacttta > 2:263945‑M2/145‑146 (MQ=255) cTTCTACCCACTTCACTCGCGCTGGCATTCTTGCTACTCCCCTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAACTCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATg < 1:239702/149‑1 (MQ=255) cTTCGACCCACTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATg < 2:161905/149‑1 (MQ=255) cTTCGACCCACTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATg < 1:240355/149‑1 (MQ=255) tCGCCCCACTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGACGCGAGTCGCCGTTGGACACAAAGCGAAAGCTATGtg > 2:508117‑M2/1‑147 (MQ=255) gcctgtgtcgtacgccgtctgcgttgctccggccctaaaacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctacttaataa < 2:618651‑M2/8‑7 (MQ=255) tgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTaaaa > 1:549320‑M2/139‑149 (MQ=255) tgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTaaaa < 1:1248306‑M2/11‑1 (MQ=255) tgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcactcatttaagtgatattgggagtcgcgagattcagggggccagtctaCTATGCTaaaa < 2:647673‑M2/11‑1 (MQ=255) cccACTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatt > 1:1262540‑M2/1‑143 (MQ=255) cccACTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggata < 2:1389859‑M2/149‑7 (MQ=255) gcgtcgttcgcgcttGCACTGGTGCTCCTCCACTGCGTCGATTGGCCTGACAGAGGACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGGTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGTTATGtggatttgc > 2:1310737‑M2/8‑140 (MQ=255) aCTTCCCTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGGCAAATTTCCTGACAGAGTACGCGTACGAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgc > 1:376655‑M2/1‑140 (MQ=255) aCTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgc > 1:1389565‑M2/1‑140 (MQ=255) ggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTc < 2:522621‑M2/16‑1 (MQ=255) ggacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcagctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCa < 1:289065‑M2/17‑1 (MQ=255) cgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGa > 1:313058‑M2/130‑149 (MQ=255) tCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGGCAGAGTACGCGTACTAACCGAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGGGACACCGGGCGACACAAAGCGAAGGCTGTGtggatttgcccctatc < 1:90904‑M2/149‑17 (MQ=255) cgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGc > 1:1091790‑M2/127‑149 (MQ=255) gtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCt > 2:1286139‑M2/126‑149 (MQ=255) tctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaataactagtattaagactatcacttatttacgtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTACAACAGTCAGCATGCTa > 2:903487‑M2/125‑149 (MQ=255) gtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaacacctcgtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggggattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACGGTa > 1:280424‑M2/120‑149 (MQ=255) ttttGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccaggcatc < 1:79321‑M2/149‑29 (MQ=255) tccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAATAATACa > 2:901663‑M2/115‑149 (MQ=255) gCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTCCTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgtt > 1:975414‑M2/1‑117 (MQ=255) cggacctaagacagcaatcagctgttctccaatggctagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagactcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGTATGCTACAGTAATACAtt < 2:827114‑M2/37‑1 (MQ=255) cgcacctaagacatcaattatctgttcctcaatgcctattctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACAtt < 2:630682‑M2/37‑1 (MQ=255) ggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttacgtgatcttggttgtctggagattcagggggccagtctcCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTg < 2:686536‑M2/38‑1 (MQ=255) cTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgtta < 2:1260190‑M2/149‑34 (MQ=255) gccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGa < 2:1367686‑M2/39‑1 (MQ=255) cctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATg > 1:603344‑M2/109‑149 (MQ=255) tCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctctatttccagacatctgttatcac > 1:766362‑M2/1‑112 (MQ=255) taagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTa < 1:1228692‑M2/43‑1 (MQ=255) cACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactt > 2:564038‑M2/1‑110 (MQ=255) aagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTAc > 1:916962‑M2/106‑149 (MQ=255) agacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACCGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACt < 2:437228‑M2/45‑1 (MQ=255) 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gggTATTGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgc > 1:531568‑M2/1‑47 (MQ=255) ggTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGTAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcg < 1:885771‑M2/149‑104 (MQ=255) cATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggat > 1:495545‑M2/1‑43 (MQ=255) ggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATAtt > 2:299968‑M2/31‑149 (MQ=255) ttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTc < 2:929435‑M2/121‑1 (MQ=255) tgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCg > 1:1048129‑M2/28‑149 (MQ=255) tgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCg < 2:1169492‑M2/122‑1 (MQ=255) tctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTCGCGGGCAGCATATTTCGGc > 2:95633‑M2/26‑149 (MQ=255) gaCACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatgtttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttata < 1:724450‑M2/149‑120 (MQ=255) ggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCGTTCCCAAGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAAt > 2:1330898‑M2/23‑149 (MQ=255) ggAGACACAAAGCTAAAGCTATGgggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcg > 2:1099246‑M2/1‑23 (MQ=255) ggAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgaccctctatttccagacatcttttatcacttaacccgttataagcccgctgccgcagatattccagtggcggacgataccccagcgcactgtgcggatgccattcgttacaatgctcg < 2:492196‑M2/149‑127 (MQ=255) tgcagggggccattccaCTATGCTAAAACCGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCaga < 1:1317235‑M2/132‑1 (MQ=255) agaCACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaa > 1:651009‑M2/1‑21 (MQ=255) agggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTCGCGGGAAGAATATTTCGACAATCCAGAGAc > 1:230619‑M2/15‑149 (MQ=255) acaAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcc < 2:745510‑M2/149‑133 (MQ=255) acaAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcc < 1:1179781‑M2/149‑133 (MQ=255) caAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactgaacccatttcaagcccgctgccgcagatatccccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcct > 1:976946‑M2/1‑16 (MQ=255) cccgtctaTTATGTTAAAACAGTCGGGATGCTTCAGTAATTCATTGATGTACTGCATGTATGCAAACGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAgcggc < 2:100863‑M2/141‑1 (MQ=255) tctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGACACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCgttc > 1:839921‑M2/5‑148 (MQ=255) aaaGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaag < 2:228192‑M2/149‑141 (MQ=255) aCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATATATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCGTTATCt > 1:47661‑M2/2‑149 (MQ=255) | AACCCTTCGACCCACTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCGTTATCT > NC_000913/3485785‑3486080 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |