| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,623,585 | A→G | 100% | E63G (GAA→GGA) | yhhH → | putative NTF2 fold immunity protein for polymorphic toxin RhsB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,623,585 | 0 | A | G | 100.0% | 113.4 / NA | 35 | E63G (GAA→GGA) | yhhH | putative NTF2 fold immunity protein for polymorphic toxin RhsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (18/17); total (18/17) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATTATA > NC_000913/3623441‑3623730 | ggAAATGTGTCATTGTATATTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGGATTa < 2:619675/149‑1 (MQ=255) gAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGGATTAg < 1:617927/149‑1 (MQ=255) aaCTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGAGCGCAATGTCATAATAAGATTAAAATAATGCGCAAGTACGAAAGTGAAGGCACATACACCGTAAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCACTGGGATTAGc > 2:30362/1‑149 (MQ=255) cTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGGATTAGCTg < 1:192371/149‑1 (MQ=255) cTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGGATTAGCTGAGATGTATGTTAAg > 2:545793/1‑149 (MQ=255) tttgtatgTTTTTACATACAACTCATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGGATTAGCTGAGATATATGTTAAGa < 2:140059/149‑1 (MQ=255) gttttttgtttTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAACAATATTAACATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGGATTAGCTGAGATATATGTTAAGa < 2:76033/145‑1 (MQ=255) tgtttTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGGATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGtt < 2:338199/149‑1 (MQ=255) ttattACATAAAACAAATTGGCGCAGGGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGGATTAGCTGAGATATACGTGAAGAATCTTTAt < 2:482387/146‑1 (MQ=255) 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gTTAAAAATGAAGCTATAGCATTGGGATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAAt > 2:777858/1‑149 (MQ=255) tAAAAATAAAGCTATAGCATTGGGATTAGCTGAGATATATGATAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATAAGAAATAACTGAGTTAACAACAAGTTGGGATGTTGAACGTAACATTCACTCCGACCAAAtag > 2:320141/1‑147 (MQ=255) gCTATAGCATTGGGATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTAGGAATAACTCAGAGCAGGTGGGTGGTGGGGt > 1:45566/1‑149 (MQ=255) gCTATAGCATTGGGATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGt > 2:308567/1‑149 (MQ=255) gCTATAGCATTGGGATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGGGGGGt > 1:740133/1‑149 (MQ=255) tGGGATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATtata < 1:545793/149‑1 (MQ=255) | GGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATTATA > NC_000913/3623441‑3623730 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |