| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3186094 = | NA (NA) | 55 (1.250) | 41/276 | NT | 100% | intergenic (+6/‑91) | yqiG/insC1 | pseudogene; fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative membrane protein/IS2 repressor TnpA |
| ? | NC_000913 | 3485933 = | 0 (0.000) | intergenic (‑117/‑185) | yhfA/crp | OsmC family protein/cAMP‑activated global transcription factor, mediator of catabolite repression | |||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CCTTCGACCCACTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCGTTATCTG > NC_000913/3485788‑3486081 | tcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctactt < 1:131297‑M2/3‑2 (MQ=255) ttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcttctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtttggggattcagggggccagtctaCTATg < 1:584878‑M2/5‑1 (MQ=255) ttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcaggggggcagtctaCGATg > 1:559499‑M2/145‑149 (MQ=255) ttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctacttaa > 2:143163‑M2/145‑146 (MQ=255) ttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATg > 2:157902‑M2/145‑149 (MQ=255) ttcctgtgtggtacgacgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgtctagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCt > 2:493885‑M2/143‑149 (MQ=255) ttcctgtggggtacgccgtctgcgtctctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctacgttcga < 2:134956‑M2/7‑7 (MQ=255) ctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggggattcagggggccagtctaCTATGTTaaa > 1:462107‑M2/140‑149 (MQ=255) tgtgtggtgcgccgtctgcgtttctccgggcctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagagaaattggttgtcgggagattcaggggcgaagtataCTATGCTacaa > 2:222794‑M2/139‑149 (MQ=255) gtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagggagttgttttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAAc > 1:644260‑M2/138‑149 (MQ=255) gctTCACTCGCGCGTGCATTTTTGCTACCCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgc > 2:276247‑M2/2‑140 (MQ=255) aCTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgc < 2:729716‑M2/149‑10 (MQ=255) aCTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgc > 2:704342‑M2/1‑140 (MQ=255) ttCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATACTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgccc > 2:651583‑M2/1‑138 (MQ=255) tacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctcaaaactaatattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggcccgtctgCTATGCTAAAACAGTCAg > 1:136873‑M2/132‑149 (MQ=255) tacgccgtctgcgtttccccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAg < 2:255879‑M2/18‑1 (MQ=255) gcgcTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGCCACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatt > 2:4340‑M2/1‑131 (MQ=255) gcgcTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACCCCAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatt < 1:78376‑M2/149‑19 (MQ=255) gcgcTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatt < 1:545373‑M2/149‑19 (MQ=255) ccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATg < 1:524032‑M2/22‑1 (MQ=255) gCATTTTTGCTGCTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccaga > 2:747400‑M2/1‑125 (MQ=255) gtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTa < 1:493885‑M2/30‑1 (MQ=255) aTTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAGACGAACGCTATGtggatttgcgcctatatttccgccca < 1:251948‑M2/149‑27 (MQ=255) tccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACa < 2:491354‑M2/35‑1 (MQ=255) cggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTAAGAATGCTACAGTACTACAtt > 2:384898‑M2/113‑149 (MQ=255) ggccctaagacagcaatcatctgttctacaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagggatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTg < 1:155095‑M2/38‑1 (MQ=255) ccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGAt > 1:251601‑M2/110‑149 (MQ=255) taagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTa < 2:105474‑M2/43‑1 (MQ=255) gCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacc > 2:730922‑M2/1‑106 (MQ=255) tcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattcagactatcacttatttaagggatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCCAAAACAGTCATGATGCTACAGTAATACCTTGATGGCCTGCATg > 1:133129‑M2/100‑149 (MQ=255) caatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATTTACTGCATGt > 2:18792‑M2/99‑149 (MQ=255) caatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcactgatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTATAGTAATACATTGATGTACTGCATGt > 1:477286‑M2/99‑149 (MQ=255) atcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTAt < 2:174595‑M2/53‑1 (MQ=255) tcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATTTATg > 1:91856‑M2/96‑149 (MQ=255) tcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATg > 1:779052‑M2/96‑149 (MQ=255) ttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagtgggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGa > 2:199683‑M2/89‑149 (MQ=255) gACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgc > 2:545373‑M2/1‑92 (MQ=255) gACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgccccgatatttccagacacctgttatcccttaacccattacaagcccgc < 2:159345‑M2/149‑58 (MQ=255) gACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCA‑CAGCAGGCGGTCTGGGGTCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgc < 1:188584‑M2/149‑58 (MQ=255) gACAGAGTACGCGTACTAACCAAAGCGCGCAACGGAAGACGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgc < 2:204649‑M2/149‑58 (MQ=255) aCAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCTTGCTGAAGCGAGACGCCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgct < 1:773285‑M2/149‑59 (MQ=255) aatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTcac < 1:648296‑M2/67‑1 (MQ=255) aatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTcac < 1:260708‑M2/67‑1 (MQ=255) 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tgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAACCAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCg < 2:208181‑M2/122‑1 (MQ=255) tgcctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCg < 1:736004‑M2/122‑1 (MQ=255) tctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGc > 2:749838‑M2/26‑149 (MQ=255) tggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCaa > 2:483381‑M2/24‑149 (MQ=255) gagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATc < 1:265789‑M2/128‑1 (MQ=255) 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cTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttc < 1:95863‑M2/149‑145 (MQ=255) cTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCGTTATCTg > 1:124649/1‑149 (MQ=255) | CCTTCGACCCACTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCGTTATCTG > NC_000913/3485788‑3486081 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |