| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 16,923 | T→G | 5.2% | K13T (AAG→ACG) | mokC ← | regulatory protein for HokC, overlaps CDS of hokC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 16,923 | 0 | T | G | 5.2% | 270.6 / 5.2 | 97 | K13T (AAG→ACG) | mokC | regulatory protein for HokC, overlaps CDS of hokC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/55); new base G (2/3); total (38/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.33e-01 | |||||||||||
CAGCAACCTCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCT > NC_000913/16777‑17070 | cAGCACCCTCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTCCCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTa < 2:491984/149‑1 (MQ=255) aGCAACCTCGGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGGTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTat < 2:844231/149‑2 (MQ=255) aGCAACCTCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCttcc > 1:955119/1‑147 (MQ=255) aaCCTCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGt < 1:492861/149‑1 (MQ=255) aaCCTCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGt < 1:76505/149‑1 (MQ=255) ccTCCGTCTGGCCCGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGACTTATATAACAAAAAAAGCCACCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCa < 2:1103257/149‑1 (MQ=255) ccTCCGTCTGGCCAGTTCGGCGGTGAACCGCACAGAGGTCTTCCCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCa < 1:629590/149‑1 (MQ=255) ccTCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCa > 2:170238/1‑149 (MQ=255) ccTCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCCCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACCGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGGTTTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCa > 1:705091/1‑149 (MQ=255) ccTCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTCAACCTCACAGAGGTCTTTTCCCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTACTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCa < 1:242270/149‑1 (MQ=255) cTCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAg > 1:756722/1‑149 (MQ=255) tCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTGACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCGTAAGGTCaag < 1:492379/149‑3 (MQ=255) tCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGATGTCGTTTCTCGGTACCAGCGCCGCCACGACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCGTACGGTCaag < 2:907483/149‑3 (MQ=37) tCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCGTAAGGTCaag < 1:492388/149‑3 (MQ=255) cggTCGGGCCAGTTCGGATGGGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTGTGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTa < 1:275050/147‑1 (MQ=255) tCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAaga < 2:108171/149‑1 (MQ=255) tCTGGCCAGTTCGGACGGGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAaga < 1:417184/149‑1 (MQ=255) cTGGCCAGTTCGGATGTGACCCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAagag < 1:1113767/149‑1 (MQ=255) cTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAagag < 2:664968/149‑1 (MQ=255) 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tCAGTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGGCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAg < 2:210174/149‑1 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACccgc < 2:954729/149‑1 (MQ=255) tcttctCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACccgccg > 2:532029/1‑149 (MQ=255) tcttctCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACccgccg > 1:778087/1‑149 (MQ=255) tcttctCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCACCTACTCGCCGAGACAGACAGCCTGCACCAGccgccg > 1:832842/1‑149 (MQ=255) 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cttactGACCGTAAGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCAGCCGCCGCtat > 2:1058606/6‑149 (MQ=255) ctcCTTGACCTACCGGTCACTAAGAGGTCCCATACATGTGTTCAGCATATAGGTTTCCTCGGGTTGATGGTACAATATCACTCGGGGCATTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTCATGGCTGAGACAGACAGCCCCAAACAAccgccggcat > 2:226513/1‑145 (MQ=255) tcCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCtatt > 1:249799/1‑149 (MQ=255) tcCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCtatt > 1:811562/1‑149 (MQ=255) ttGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATtata > 2:870032/1‑149 (MQ=255) 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CAGCAACCTCCGTCTGGCCAGTTCGGATGTGAACCTCACAGAGGTCTTTTCTCGTTACCAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCT > NC_000913/16777‑17070 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |