| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,722,300 | A→C | 7.3% | intergenic (+196/+27) | sokA → / ← glyS | pseudogene, sRNA antisense regulator blocking mokA/hokA translation/glycine tRNA synthetase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,722,300 | 0 | A | C | 7.3% | 200.5 / 7.8 | 69 | intergenic (+196/+27) | sokA/glyS | pseudogene, sRNA antisense regulator blocking mokA/hokA translation/glycine tRNA synthetase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/37); new base C (3/2); total (30/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.69e-01 | |||||||||||
CCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACTTTATCGAAGAAA > NC_000913/3722152‑3722447 | ccGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATACTTCATGTTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGa > 1:543497/1‑149 (MQ=255) gTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTGTACTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATg < 1:661889/149‑1 (MQ=255) gCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCa < 2:308019/149‑1 (MQ=255) 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cTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAACAAAATCTCACAAAAACAATACTGGGTATAAACTGTATTCAGCAGAATATGATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTtaa > 2:290635/1‑149 (MQ=255) cTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTtaa > 1:371321/1‑149 (MQ=255) aataaGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTtaataa > 1:473775/1‑149 (MQ=255) taaGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACg < 1:32169/149‑1 (MQ=255) aaGTTTGTTTCTTCTNCTCGATATAATCCTAAAACAATTTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACgg < 1:639527/149‑1 (MQ=255) 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tctcCTTGATATAAACCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGc < 1:82048/149‑1 (MQ=255) ttGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAg > 1:326574/1‑149 (MQ=255) gATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCg > 1:461266/1‑149 (MQ=255) taATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAat > 1:559978/1‑149 (MQ=255) cTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCg > 1:571841/1‑149 (MQ=255) 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aTAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGaa < 1:460054/149‑1 (MQ=255) tAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAAc > 1:699586/1‑149 (MQ=255) aaTTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGt < 2:315166/149‑1 (MQ=255) tAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTcg < 2:781125/149‑1 (MQ=255) aaTAGATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCCAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTcgc < 1:412752/149‑1 (MQ=255) atatGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCa > 2:103587/1‑149 (MQ=255) atatGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCa < 2:231746/149‑1 (MQ=255) atatGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGAGTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTcgcgga > 2:334893/1‑147 (MQ=255) tGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGCTTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAGTAACGGCTTTATTATTGCAACAGCGAAATATGCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGtt < 1:488857/149‑1 (MQ=255) aTCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAg < 2:571841/149‑1 (MQ=255) 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agcagAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGa > 2:407146/1‑149 (MQ=255) agcagAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGa > 2:629044/1‑149 (MQ=255) aagaCTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCTTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGtt < 1:600716/149‑1 (MQ=255) gaTTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGa < 2:187872/149‑1 (MQ=255) gaTTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGa < 1:298579/149‑1 (MQ=255) gaTTAGTAAAGGTTGCTGTATTATTTGGCGATAAAAAAGGCCTGCCAGAGGGCATGCTATTTAATATCGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGGAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGa < 2:15705/149‑1 (MQ=255) ttGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCtt > 1:474660/1‑149 (MQ=255) tGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCttt < 2:461266/149‑1 (MQ=255) gCTGTATTATTTAGCGATAAAACAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCTCAGTTTCTTCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTg < 2:225209/149‑1 (MQ=255) gCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGTATTTTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTg < 2:371321/149‑1 (MQ=255) 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gATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACTTTATCGAAGaaa > 2:307059/1‑149 (MQ=255) gATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATCCTTCGTCATCAACCATGACCATCACCTTAGCGAAGaaa > 1:179322/1‑149 (MQ=255) | CCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACTTTATCGAAGAAA > NC_000913/3722152‑3722447 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |