New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 4112782 = | 47 (1.050) | 4 (0.100) | 3/258 | NT | 8.3% | intergenic (+28/‑184) | yiiR/yiiS | DUF805 family putative inner membrane protein/UPF0381 family protein |
? | NC_000913 | 4112830 = | 44 (1.050) | intergenic (+76/‑136) | yiiR/yiiS | DUF805 family putative inner membrane protein/UPF0381 family protein |
CAAGGCGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTCGTAATCGACAGAGAGGCGAATATACAGAGGTGCCCTATGAAAGATGTCG > NC_000913/4112683‑4112978 | caAGGCGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCCCTTACTGCTATTTGTTTGCTGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATc > 2:223167/1‑149 (MQ=255) aattcagaagaatgcgccgtgaaaggaagaacgaaccattaaggatcttatggactaccattttttttgatattgctgaaggtgaagagttcagaaggaTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATc > 1:658508‑M1/100‑149 (MQ=255) aaGGCGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATcc > 1:304852/1‑149 (MQ=255) acttaagaataatgcgccgttaagggaagaacaaacaagtaatgatcttatggattaccattttttttgatattgcttaaggtgaagagttcagaaggattttccgggattgttatttccacgatgcaaatgacaatacccggaaaaTc < 2:642153‑M2/2‑1 (MQ=255) gCGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTc < 1:71591/149‑1 (MQ=255) cGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCGA‑TGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCt < 1:687455/149‑1 (MQ=255) ataatgcgccgttaagggaagaaccaacaagtaatgatcttatggattaccattttttttgatattgcttaaggtgaagagttcagaaggattttccgggattgttatttccacgatgcaaatgacaatacccggaaaaTCCTTCTGaa < 2:341691‑M2/10‑1 (MQ=255) ataatgcgccgttaagggaagaacaaacaagtaatgatcttatggattaccattttttttgatattgcttaaggtgaagagttcagaaggattttccgggattgttatttccacgatgcaaatgacaatacccggaaaaTCCTTCTGaa < 1:714258‑M2/10‑1 (MQ=255) tGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGTTGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTcccc > 1:682421/1‑149 (MQ=255) aaaGATACTCAGGATGTGAAGTATAGAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTGCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTaa < 1:158413/149‑1 (MQ=255) gATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCa < 1:394800/149‑1 (MQ=255) gATACTCAGGATGGGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACGGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAgta < 2:93056/149‑3 (MQ=255) aTACTCAGGATGTGAGGTATATAGGCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCaa < 2:185809/149‑1 (MQ=255) aTACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTTTTTT‑TTTGTTATTTCCA‑AGATGCAATTGACAATACCCGGGAAATCCTGCTGAACTCTTCACCTTAAGCac > 2:726381/1‑148 (MQ=255) tCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATc > 1:753658/1‑149 (MQ=255) tCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACCCTTCACCTTAAGCAATATc > 1:146347/1‑149 (MQ=255) tCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCCATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCAA‑AGATGCAAATGACAATACCCTGAACCTCCTTCTATATTCTTCACCTTACGCAatatt > 2:522994/1‑148 (MQ=255) aGGATGTGTAGTATAAAGCCGACAAGCAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGATCTCTTCACCTTAAGCAATATCaa < 2:694445/149‑1 (MQ=255) ggATGTGACGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACATTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACCACACCAGGAAAAGCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCaaa < 1:192905/149‑1 (MQ=255) gATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAGATGACAATACCCGGCAAATCCTTCTGCACTCTTCACCTTAAGCAATATCaaaa > 1:31221/1‑149 (MQ=255) gATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCaaaa > 1:447657/1‑149 (MQ=255) atgaGTAGACAGCCTACAATAAATCAAGTAATCAACGTTTAATATATCTCTTACAGCTATTTTATTCCGTG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCCGATAATCCTTCTGCACTCTTCTCCTTAAAAAATAaaaaaaaaaa < 2:386256/146‑1 (MQ=255) aaGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑AGTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGCAATcc > 1:534425/1‑149 (MQ=255) cAATAAATCAAGAAAATAACCATAAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGTAATCCATAAGAt < 2:304852/149‑1 (MQ=255) aaaTCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCAtt < 1:476222/149‑1 (MQ=255) aaTCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTa < 1:760561/149‑1 (MQ=255) aaTCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTa > 1:63424/1‑149 (MQ=255) aTCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTAc > 1:119808/1‑149 (MQ=255) tAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACttgttt < 1:564410/149‑1 (MQ=255) cacccTTTAATCTATTCCTTAGTGCTATTTTTTTCCGGT‑ATTGTTATGTCCA‑CGATGCAAATGACAATAGCCGGAAAATCCCTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGttc < 2:340570/146‑1 (MQ=255) tttAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTCGTTTGTTCTTccc > 2:599916/1‑149 (MQ=255) aaatatCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATAACCGAAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTaa < 2:87949/147‑1 (MQ=255) tctTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAAAGGCGCa > 1:314891/1‑149 (MQ=255) ttcagaaggaTTTTCCGGGTATTGTCATTTGCATCG‑TGGAAATAACAAT‑CCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCattat < 1:714258‑M1/139‑1 (MQ=255) ttcagaaggaTTTTCCGGGTATTGTCATTTGCATCG‑TGGAAATAACAAT‑CCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTGGTTCTTCCCTTAACGGCGCattat < 2:341691‑M1/139‑1 (MQ=255) cTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAACAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGACGCaatatt > 1:503561/1‑149 (MQ=255) cTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGActtatt > 2:455062/1‑149 (MQ=255) cTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCtt > 1:307577/1‑149 (MQ=255) tATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTa > 1:783968/1‑149 (MQ=255) aTTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTaa < 1:637806/149‑1 (MQ=255) tttttttCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCGTAACGGCGCATTATTCTTAAg > 2:363858/1‑149 (MQ=255) ttattttCCGGG‑CTGGTTATTTCCA‑CGATGAAAATGACACTACCCGGAAAATCGTTCCGACCGCTGCACCTTAAACAATATCAAAAAAAAGCGTACTCCATGAGCGCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACAGGGCGTTATTCATAAg > 2:356116/4‑149 (MQ=255) gaTTTTCCGGGTATTGTCATTTGCATCG‑TGGAAATAACAAT‑CCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGt < 2:642153‑M1/147‑1 (MQ=255) tttttCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTc < 1:669207/149‑1 (MQ=255) gattttccgggtattgtcatttgcatcgtggaaataacaatcccggaaaaTCCTTCTGAACTCTTCACCTTCAGCAATATCAAAAAAAATGGTAGTCCATAAGATCCTTAATGGTTCGTTCTTCCTTTCACGGCGCATTCTTCtgaatt > 1:658508‑M2/51‑147 (MQ=255) TCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTCGTaa > 1:324685‑M1/1‑149 (MQ=255) gtattgtcatttgcatcgtggaaataacaatcccggaaaaTCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTCGTAAtcgca > 1:34869‑M2/41‑147 (MQ=255) aTTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTCGTAATCGACa > 1:98684/1‑149 (MQ=255) ttATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTCGTAATCGACagaga < 1:523752/149‑1 (MQ=255) aTTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGAACATTACTCGAATGTTCTTCCAATAACGGCGCATAAATCTAAAAACGAAAACAACAGAAAgg > 1:248489/1‑149 (MQ=255) cGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTCGTAATCGACAGAGAGGCGAatat < 1:522994/149‑1 (MQ=255) cGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTCGTAATCGACAGAGAGGCGAatat < 2:753658/149‑1 (MQ=255) cGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATAAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTCGTAATCGACAGAGAGGCGAatat < 2:146347/149‑1 (MQ=255) aTGCAAAGGACAAAACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCGTCACCTTAAACAATATAAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTCGTAATCGACAGAGAGGCGAATATAc < 2:682421/149‑1 (MQ=255) gCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTCGTAATCGACAGAGAGGCGAATATACag < 2:447657/149‑1 (MQ=255) gCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAAAATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTCGTAATCGACAGAGAGGCGAATATACag < 2:31221/149‑1 (MQ=255) aTACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTCGTAATCGACAGAGAGGCGAATATACAGAGGTGCCCTa < 1:685698/149‑1 (MQ=255) ccggaaaaTCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTCGTAATCGACAGAGAGGCGAATATACAGAGGTGCCCTATGaa > 2:561616‑M2/9‑149 (MQ=255) ggaaaaTCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTCGTAATCGACAGAGAGGCGAATATACAGAGGTGCCCTATGAAAg > 1:333836‑M2/7‑149 (MQ=255) tCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTCGTAATCGACAGAGAGGCGAATATACAGAGGTGCCCTATGAAAACTGTCg > 2:678763/1‑149 (MQ=255) | CAAGGCGAAAATAAATATGGTAAAGATACTCAGGATGTGAAGTATAAAGCCGACAATAAATCAAGTAATTAACCTTTAATATATCTCTTACTGCTATTTTTTTCCGGG‑ATTGTTATTTCCA‑CGATGCAAATGACAATACCCGGAAAATCCTTCTGAACTCTTCACCTTAAGCAATATCAAAAAAAATGGTAATCCATAAGATCATTACTTGTTTGTTCTTCCCTTAACGGCGCATTATTCTTAAGTCGTAATCGACAGAGAGGCGAATATACAGAGGTGCCCTATGAAAGATGTCG > NC_000913/4112683‑4112978 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |