New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 2375833 | 3 (0.060) | 49 (1.020) | 41/274 | 0.1 | 94.4% | coding (128/963 nt) | menC | O‑succinylbenzoyl‑CoA synthase |
? | NC_000913 | 2514275 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL1 | nucleoside (except guanosine) transporter/IS186 transposase |
GCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCC > NC_000913/2514133‑2514412 | gCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTGTACGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCATTCGCTGCACTGTTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCa < 2:182912/143‑1 (MQ=255) cTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATa > 2:836691/1‑143 (MQ=255) atgaaGGGCAAGGTAACGTGGGTTCTCGCTGCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAgcg < 1:302933/143‑1 (MQ=255) aaGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCT‑CCGTGTGTGAGTGAGATGTCAGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCCTACATAAAAAAGCCGGGGATAATCCCCATAAGAGCTa > 1:612891/1‑143 (MQ=255) agagCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTaa < 2:558184/143‑1 (MQ=255) cAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAGGCTGGTTTACGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCCATCGCAGCACTGGTGGTGAAACACCAGACATAAAAAAGCCGGGGATCATTCCCATAAGCGCGGACTTa > 2:161407/1‑143 (MQ=255) aaGGTAGCGTGGTTTCTGGCTTTGGTCTGAGGCTGGTTTGCGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTTAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTaa < 1:206199/143‑1 (MQ=255) aaGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTaa < 2:788067/143‑1 (MQ=255) aaGGTAACGTGGTTGCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTGACGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTaa < 2:492589/143‑1 (MQ=255) aGGTAACGGGGTTTCGCGCTTCGGTCTGAAGCTGGGTTACGGAGCTGCCCTG‑GTGAGTGAGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCGGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAg < 2:106128/143‑1 (MQ=255) cggggTTTCTCGCTTCGTTCTTAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCAGTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtgt < 2:801019/140‑1 (MQ=255) gTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTG‑GTGGGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACtcacggtgcgtg > 1:600491/1‑132 (MQ=255) tGGTTTCTGGCTTCGGTCTGAAGACGGTTTGCGGCTCTACCCTG‑GTGCGTGTGCCGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:328628/143‑1 (MQ=255) tGGTTTCTCGCCTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 2:224162/143‑1 (MQ=255) tttCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTCAGGGGTGTGGTAt > 2:839559/1‑143 (MQ=255) ctcGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCCATCGCAGCACTCGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTCAGGGTTGTGGTAGTAc > 2:144200/1‑143 (MQ=255) gAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCCGCACTGGTGCTGGAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAAAGTAAGGGTTGTGGTGTTCCGCCTGATATgcgt > 1:823779/1‑140 (MQ=255) cTGGTTTACGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAc > 2:578061/1‑143 (MQ=255) tACGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCg > 1:236699/1‑143 (MQ=255) ctACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCGATAAGCGCTACCTTAAGGGTTGGGGTATTACACATGATATGATTTAACGTGCCGATGAAtc > 1:161728/1‑142 (MQ=37) aCCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAACGCCGGGTATAATTCTCATAAGCTCTAACGTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTAc < 2:631801/143‑1 (MQ=37) gAGTGTGGTGGCTGCGGCAAGAGCGGCACGGGGGCTGTAAGACCATACATAAAGAAGCCGGGGATAATTCGCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGa < 1:126411/143‑1 (MQ=18) gtgtGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATa > 1:773041/1‑143 (MQ=255) tgtgCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGGTATGATTTAACGTGCCGGTGAATTACTGTCACGATaa > 1:59659/1‑143 (MQ=255) gtgCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAAc < 2:68018/143‑1 (MQ=255) tGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTGAAGATGACgg‑‑gc > 1:285/1‑142 (MQ=255) tGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCCCGATAACTG‑‑Gt > 2:811379/1‑143 (MQ=255) tCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTACGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCa > 2:661490/1‑143 (MQ=255) tCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAACAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCa < 2:77807/143‑1 (MQ=255) tCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCa < 2:675561/143‑1 (MQ=255) gCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTTGCGATGAATTACTATCACGATAAATG‑‑CTCAGcg > 1:811850/1‑142 (MQ=21) ccaTCGCAGCACTGGTGCTGTCAGACTATGCAGAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGTGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTc < 1:176914/141‑1 (MQ=18) aTCGCTGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTg > 1:716236/1‑143 (MQ=255) tCGCACAACTGGTGGTGCAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGGCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTgg < 2:367879/143‑1 (MQ=17) ccGCATCACTGGTGCTGTAAGAACATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTTGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTgg < 1:432957/142‑1 (MQ=255) ccGCAGCACCGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTgg < 2:479188/142‑1 (MQ=255) gcagcaCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTATGGcc > 1:67626/1‑143 (MQ=255) agcaCTGGTGGTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCa < 2:760980/143‑1 (MQ=255) caCTGGTGCTGGAAGACCATACATAATAGAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCata < 1:296168/143‑1 (MQ=255) tgttGCTGTCAGACCATACATAAAAACGCCGGGGATCATTCCCTTAAGCGTTAACTTAATGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTg < 1:760198/140‑1 (MQ=14) tGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATCCTGGACCgtagta > 1:294369/1‑140 (MQ=255) gcgCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGt < 1:145085/141‑1 (MQ=255) gTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCTGTATTGGt > 2:3282/1‑143 (MQ=255) gTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATGACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAAGTCTGGCCCATATTGGGaaagc > 1:347617/1‑140 (MQ=255) tAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGccc > 2:105249/1‑143 (MQ=255) gACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCgaa < 2:236699/143‑1 (MQ=255) gACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTGAAGGGATGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑ATCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGACCgaa > 1:329713/1‑143 (MQ=255) aCCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCgaag > 2:140307/1‑143 (MQ=255) ccataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTg < 1:594426/142‑1 (MQ=255) ataAAAAAGCCGGGGACAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGa < 2:268879/143‑1 (MQ=255) aaaaaaGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATa > 2:553106/1‑143 (MQ=255) aGCCGAGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATACGATTTAACGTGGCGATGAATTACTCTAACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCg < 2:363279/143‑1 (MQ=255) gCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCgg < 2:600491/143‑1 (MQ=35) cGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGACCGAAGAACTGGCTACTTCgtcg > 2:71532/1‑140 (MQ=255) ggggATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCAGACGGACTGGATAGTGCGGCAc > 1:201029/1‑143 (MQ=11) agggATAAATCCGATAAGGGCTAACATAAGGGTGGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCAc < 2:665585/142‑1 (MQ=11) ggATAATTCCCATACGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTACTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGt < 2:285/143‑1 (MQ=21) ggATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGt < 2:773041/143‑1 (MQ=34) ttCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGcc > 2:741218/1‑143 (MQ=11) ttCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGcc > 1:581821/1‑143 (MQ=11) ttCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTATCGATAACTGCCATCAGCATTGC‑‑GCCCCCATTTGTAAGCCCGCCGACCTGGATCCTTCCGCACGTAACGcc > 1:611834/1‑143 (MQ=2) | GCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTG‑GTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTG‑‑GTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCC > NC_000913/2514133‑2514412 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |