| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,285,336 | A→T | 2.6% | intergenic (‑124/+76) | yjcH ← / ← acs | DUF485 family inner membrane protein/acetyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,285,336 | 0 | A | T | 2.6% | 584.9 / 3.1 | 152 | intergenic (‑124/+76) | yjcH/acs | DUF485 family inner membrane protein/acetyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (84/64); new base T (2/2); total (86/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
GCGGCGTGCCCAGCCAGCCGGGCGCGAAGGCGATCAGTAAAATAAAGCCGATATAAACTGCCAGCATAATAATCGACAGGATGGTGGCAAACCGTTGCCGTTTTTCGACTAACTCCCTGAAATGCGCATTGTCTTCTATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAGCGTCGAGGTATCGCCCAGGTTGCTGGTATCGCCCGCCGCAATTTTGCGCAGAATACGGCGCATAATTTTGCCGGAGCGGG‑TTTTAGGCAGGGAGTCGGTCCAGTGCAGCACGTCTGGCGTCGCCAGCGGGCCAATCTCTT > NC_000913/4285050‑4285617 | gcggcgTGCCCAGCCAGCCGGGCGCGAAGGCGATCAGTAAAATACAGCCGATATAAACTGCCAGCATAATAATCGACAGGATGGTGGCAAACCGTTGCCGTTTGTCTACTAACTCCCTGAAATGCGAATTGTCTTCTAACCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCTGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCTGcaatc > 1:431325/1‑289 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |