New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1299175 = | 84 (0.760) | 4 (0.040) | 4/522 | NT | 4.5% | coding (578/648 nt) | ychE | UPF0056 family inner membrane protein |
? | NC_000913 | = 1979270 | NA (NA) | intergenic (‑55/‑483) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein |
TTGGCGAGGATAAACAGAACAAGCAAGAAAAATCAGAAACCGCGGTACGTGAAAGCATTGGTGTGGTGCCACTGGCGTTGCCGTTGATGGCGGGGCCAGGGGCGATCAGTTCTACCATCGTCTGGGGTACGCGTTATCACAGCATTAGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGTTGGGGATTGTTCCGCATGGCACCGTGGCTGGTACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGCTGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATT > NC_000913/1298893‑1299462 | ttGGCGAGGGTAAACAAAACAAGCAAGAAAAATCAGAAACCGCGGTACGTGAAAGCATTGGGGTGGTGCCACTGGCGTTGCCGTTGATGGCGGGGCCAGGGGCGATCAGTTCTACCATCGTCGGGGGTACGCGTTATCACAGCATTAGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGTTGGGGATTGTTCCGCATGGCACCGTGGCTGGTACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGAt < 2:689361/289‑1 (MQ=255) ttGGCGAGGATAAACAGAACAAGCAAGAAAAATCAGAAACCGCGGTACGTGAAAGCATTGGTGTGGTGCCACTGGCGTTGCCGTTGATGGCGGGGCCAGGGGCGATCAGTTCTACCATCGTCTGGGGTACGCGTTATCACAGCATTAGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGTTGGGGATTGTTCCGCATGGCACCGTGGCTGGTACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGa < 1:957995/288‑1 (MQ=255) ttGGCGAGGATAAACAGAACAAGCAAGAAAAATCAGAAACCGCGGTACGTGAAAGCATTGGTGTGGTGCCACTGGCGTTGCCGTTGATGGCGGGGCCAGGGGCGATCAGTTCTACCATCGTCTGGGGTACGCGTTATCACAGCATTAGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGTTGGGGATTGTTCCGCATGGCACCGTGGCTGGTACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGa < 1:379243/288‑1 (MQ=255) ttGGCGAGGATAAACAGAACAAGCAAGAAAAATCAGAAACCGCGGTACGTGAAAGCATTGGTGTGGTGCCACTGGCGTTGCCGTTGATGGCGGGGCCAGGGGCGATCAGTTCTACCATCGTCTGGGGTACGCGTTATCACAGCATTAGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGTTGGGGATTGTTCCGCATGGCACCGTGGCTGGTACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGa < 1:335872/288‑1 (MQ=255) ggCGAGGATAAACAGAACAAGCAAGAAAAATCAGAAACCGCGGTACGTGAAAGCATTGGTGTGGTGCCACTGGCGTTGCCGTTGATGGCGGGGCCAGGGGCGATCAGTTCTACCATCGTCTGGGGTACGCGTTATCACAGCATTAGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGTTGGGGATTGTTCCGCATGGCACCGTGGCTGGTACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATg > 1:502419/1‑288 (MQ=255) atgcgggctgttgcccggcatccaacgccattcatggccatatcaatgattttctggtgcgtaccgggttgagaagcggtgtaagtgaactgcagttgccatgttttacggcagtgagagcagagatagcgctgatgtccggcggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTGCTGATGGCATTGGGGAt > 2:844467‑M1/271‑289 (MQ=255) aaCAGAACAAGCAAGAAAAATCAGAAACCGCGGTACGTGAAAGCATTGGTGTGGTGCCACTGGCGTTGCCGTTGATGGCGGGGCCAGGGGCGATCAGTTCTACCATCGTCTGGGGTACGCGTTATCACAGCATTAGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGTTGGGGATTGTTCCGCATGGCACCGTGGCTGGTACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGAt < 2:792241/289‑1 (MQ=255) aagAAAAATCAGAAACCGCGGTACGTGAAAGCATTGGTGTGGTGCCACTGGCGTTGCCGTTGATGGCGGGGCCAGGGGCGATCAGTTCTACCATCGTCTGGGGTACGCGTTATCACAGCATTAGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGTTGGGGATTGTTCCGCATGGCACCGTGGCTGGTACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATc < 1:773807/287‑1 (MQ=255) aaaaTCAGAAACCGCGGTACGTGAAAGCATTGGTGTGGTGCCACTGGCGTTGCCGTTGATGGCGGGGCCAGGGGCGATCAGTTCTACCATCGTCTGGGGTACGCGTTATCACAGCATTAGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGTTGGGGATTGTTCCGCATGGCACCGTGGCTGGTACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTa < 1:610489/287‑1 (MQ=255) aaCCGCGGTACGTGAAGGCATTGGTGTGGGGCCACTGGCGTTGCCGTTGATGGCGGTGCCAGGGGCGATCAGTTCTACCATCGTCTGGGGTACGCGTTATCACAGCATTAGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGTTGGGGATTGTTCCGCATGGCACCGTGGCTGGTACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTAtt < 1:20515/286‑1 (MQ=255) 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tatcaatgattttctggtgcgtaccgggttgagaagcggtgtaagtgaactgcagttgccatgttttacggcagtgagagcagagatagcgctgatgtccggcggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacctgct > 1:115460‑M1/231‑234 (MQ=255) aaGCATTGGTGTGGTGCCACTGGCGTTGCCGTTGATGGCGGGGCCAGGGGCGATCAGTTCTACCATCGTCTGGGGTACGCGTTATCACAGCATTAGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGTTGGGGATTGTTCCGCATGGCACCGTGGCTGGTACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGc < 2:188386/289‑1 (MQ=255) tggtgtggtgCCACTGGCGTTGCCGTTGATGGCGGGGCCAGGGGCGATCAGTTCTACCATCGTCTGGGGTACGCGTTATCACAGCATTAGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGTTGGGGATTGTTCCGCATGGCACCGTGGCTGGTACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCtt > 2:850250/1‑289 (MQ=255) 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ataCCGGTATCGACGTTATTACGGGTAGTAAGGGGCTAGTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCTGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGCTGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCAcatca < 2:544810/287‑1 (MQ=255) gACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGCTGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAACGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCAcatcat > 2:17838/1‑289 (MQ=255) gACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGCTGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCAcatcat > 1:272171/1‑289 (MQ=255) 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TTGGCGAGGATAAACAGAACAAGCAAGAAAAATCAGAAACCGCGGTACGTGAAAGCATTGGTGTGGTGCCACTGGCGTTGCCGTTGATGGCGGGGCCAGGGGCGATCAGTTCTACCATCGTCTGGGGTACGCGTTATCACAGCATTAGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGTTGGGGATTGTTCCGCATGGCACCGTGGCTGGTACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGCTGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATT > NC_000913/1298893‑1299462 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |