| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,157,900:1 | +A | 100% | coding (32/1434 nt) | ptsG → | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,157,896 | 1 | . | A | 96.3% | 402.0 / 5.0 | 107 | coding (28/1434 nt) | ptsG | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base A (63/40); total (66/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
AAACGAGTAAAGTTCACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAATAACCACGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGC‑AAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTA > NC_000913/1157608‑1158168 | aaaCGAGTAAAGTTCACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAATAACCACGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGc > 2:556898/1‑289 (MQ=255) gTAAAGTTCACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAATAACCACGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGC‑aaa‑aag > 2:823195/1‑287 (MQ=255) tCACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAATAACCACGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCACTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTa < 1:531049/289‑1 (MQ=255) tCACCGCCGAAAATTGGCGGGTTAAGAACCACGTTTGAAATATTGTGGAATATGTTTGGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATTATCTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACCAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAAGAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTGGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTa < 2:268573/289‑1 (MQ=255) 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aaGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGt < 2:374093/289‑1 (MQ=255) aTAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGcc > 2:120421/1‑204 (MQ=255) aTAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGcc < 1:120421/204‑1 (MQ=255) aTAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGtt > 2:437965/1‑289 (MQ=255) gTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCa > 2:406575/1‑289 (MQ=255) aaTTAGCACTGGATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCGTGCCACGCGTGATAACGTAAAAAAAGCACCCCTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAgg < 1:849168/289‑1 (MQ=255) 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ctctGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACAt > 2:323782/1‑289 (MQ=255) ctGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATg > 2:468715/1‑288 (MQ=255) tgtAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACt > 1:347403/1‑176 (MQ=255) tgtAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCGGTCTTTGCCAACATGCCa > 1:382975/1‑288 (MQ=255) tgtAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGcc > 2:11919/1‑287 (MQ=255) tgtAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCACGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCAGTCTTTGCAACCATGca > 1:692145/1‑286 (MQ=255) 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aaaGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCg < 1:561962/233‑1 (MQ=255) aaaGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCg > 2:561962/1‑233 (MQ=255) aaaGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGc > 2:613362/1‑289 (MQ=255) aaaGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGc > 1:732224/1‑289 (MQ=255) aaaGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGc > 1:428869/1‑289 (MQ=255) aGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACC‑TGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGa > 1:175023/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |