| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,876,424 | G→A | 78.1% | intergenic (‑97/‑155) | cysD ← / → iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,876,424 | 0 | G | A | 78.1% | 217.1 / 57.9 | 100 | intergenic (‑97/‑155) | cysD/iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/10); new base A (45/33); total (57/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
CATGCAGCAACGGGAAAGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGTAAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGTATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGCACGACATATTGCTACT > NC_000913/2876141‑2876704 | cATGCAGCAACGGGAAAGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCt < 1:75962/289‑1 (MQ=255) gcagcaACGGGAAAGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTaa < 1:55330/289‑1 (MQ=255) gcagcaACGGGAAAGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACAGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGACGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTaa > 2:454922/1‑289 (MQ=255) caACGGGAAAGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACgg < 2:410775/288‑1 (MQ=255) aCGGGAAAGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAAt < 1:454922/289‑1 (MQ=255) cGGGAAAGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATa > 2:625814/1‑289 (MQ=255) aaGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGAt > 1:167208/1‑289 (MQ=255) 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cGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCaaaaa < 1:748811/289‑1 (MQ=255) cGCCGTGCAGGCCAGATGCAGCATGACGATGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCaaaaa < 2:144053/289‑1 (MQ=255) cTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTg > 2:693630/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |