Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,670,592 | Δ1 bp | 3.4% | coding (894/1254 nt) | ynfM → | putative arabinose efflux transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,670,592 | 0 | C | . | 3.4% | 433.7 / 5.3 | 117 | coding (894/1254 nt) | ynfM | putative arabinose efflux transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/61); new base . (2/2); total (54/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CGGCGTTGATGTTCTGGAAAATCCTCCCTGAATCACGCCATTTTCGCCCGACTTCGCTGCGCCCTAAGACGTTGTTTATCAACTTTCGTCTGCACTGGCGTGACCGGGGATTACCGTTATTGTTCGCAGAAGGCTTTTTGCTGATGGGGTCGTTCGTCACGCTGTTTAATTACATCGGCTATCGGTTGATGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCTCGCTGTGGCTGATCTTTGCCGGAATGTTACTCTTCTCAGCAGGATTCTTCGCAGCCCACTCAGTAGCCAGCAGCTGGATCGGCCCCCGCGCAAAACGCGCTAAAGGCCAGGCCTCCTCGCTGTATCTGTTCAGTTACTATCTGGGGTCGAGTATTGCCGGGACGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGC > NC_000913/1670306‑1670880 | ctgCGTTGATGTTCTGGAAAATGCTCCCTGAATCACGCCATTTTCGCCCGACTTCGCTGCGCCCTAAGACGTTGTTTATCAACTTTCGTCTGCACTGGCGTGACCGGGGATTACCGTTATTGTTCGCAGAAGGCTTTTTGCTGATGGGGTCGTTCGTCACGCTGTTTAATTACATCGGCTATCGGTTGATGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGaccac < 2:432007/287‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |