| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,670,591 | Δ1 bp | 3.4% | coding (893/1254 nt) | ynfM → | putative arabinose efflux transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,670,591 | 0 | C | . | 3.4% | 435.8 / 5.3 | 117 | coding (893/1254 nt) | ynfM | putative arabinose efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/61); new base . (2/2); total (54/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CGGCGTTGATGTTCTGGAAAATCCTCCCTGAATCACGCCATTTTCGCCCGACTTCGCTGCGCCCTAAGACGTTGTTTATCAACTTTCGTCTGCACTGGCGTGACCGGGGATTACCGTTATTGTTCGCAGAAGGCTTTTTGCTGATGGGGTCGTTCGTCACGCTGTTTAATTACATCGGCTATCGGTTGATGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCTCGCTGTGGCTGATCTTTGCCGGAATGTTACTCTTCTCAGCAGGATTCTTCGCAGCCCACTCAGTAGCCAGCAGCTGGATCGGCCCCCGCGCAAAACGCGCTAAAGGCCAGGCCTCCTCGCTGTATCTGTTCAGTTACTATCTGGGGTCGAGTATTGCCGGGACGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGG > NC_000913/1670306‑1670879 | ctgCGTTGATGTTCTGGAAAATGCTCCCTGAATCACGCCATTTTCGCCCGACTTCGCTGCGCCCTAAGACGTTGTTTATCAACTTTCGTCTGCACTGGCGTGACCGGGGATTACCGTTATTGTTCGCAGAAGGCTTTTTGCTGATGGGGTCGTTCGTCACGCTGTTTAATTACATCGGCTATCGGTTGATGCTCTCCCCCTGGCATGTCAGTCAGGCCGTGGTTGGCTTATTATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGaccac < 2:432007/287‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |