| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,416,047 | A→G | 5.0% | E339E (GAA→GAG) | acrF → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,416,047 | 0 | A | G | 5.0% | 282.3 / 2.3 | 80 | E339E (GAA→GAG) | acrF | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/40); new base G (2/2); total (38/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
AAAGTGACCCTGCGCGTAAACAGTGACGGCTCGGTGGTACGCCTGAAAGATGTCGCACGGGTTGAACTTGGCGGTGAAAACTATAACGTTATCGCTCGTATCAACGGAAAACCGGCGGCGGGCCTGGGGATTAAGCTGGCAACCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGA > NC_000913/3415772‑3416325 | aaaGTGACCCTGCGCGTAAACAGTGACGGCTCGGTGGTACGCCTGAAAGATGTCGCACGGGTTGAACTTGGCGGTGAAAACTATAACGTTATCGCTCGTATCAACGGAAAACCGGCGGCGGGCCTGGGGATTAAGCTGGCAACCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACg < 2:179606/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |