| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,655,792 | A→G | 5.3% | Y189H (TAC→CAC) | pepB ← | aminopeptidase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,655,792 | 0 | A | G | 5.3% | 265.5 / 3.7 | 78 | Y189H (TAC→CAC) | pepB | aminopeptidase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/34); new base G (2/2); total (41/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.31e-01 | |||||||||||
CACCAGACGCCCTTCGGCATCAGTGTTCATCACTTCAACTTTTTTACCGTTGCGATAGGTGATGATATCGCCCAGCTTGAACGCATTGCCGCTAATCAGGTTATCCGCACAGCAGAGGAACAGCTTCACGCGCTTGTTCAGTCCGCGCGTAATGGCAAATGCCAGCGCCCCGGTAACCGTTGCCGCGCCGCCCATGTCCGACTTCATCGAGTCCATAAACGCAGTCTGTTTGATGCTGTAGCCGCCGGAGTCAAAAGTGATACCTTTACCTACCAGGCACGCGTACACTGGCGCTTCTTTATCGCCAGTTGGGTTGTAATCCAGCGCCAGCAATACCGGAGAACGTTCTGAACCGCGTCCGACTGTGTG‑CAGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATGGTCCCAATTCTTCTGCCGGTGCGTTGATGGTGTCACGCACCCAGTCGATGATCATCAGGCGGTTATCCAGTTCCTGGCGCTGGGCATCGTC > NC_000913/2655508‑2656080 | cACCAGACGCCCTTCGGCATCAGTGTTCATCACTTCAACTTTTTTACCGTTGCGATAGGTGATGATATCGCCCAGCTTGAACGCATTGCCGCTAATCAGGTTATCCGCACAGCAGAGGAACAGCTTCACGCGCTTGTTCAGTCCGCGCGTAATGGCAAATGCCAGCGCCCCGGTAACCGTTGCCGCGCCGCCCATGACCGACTTCATCGAGTCCATAAACGCAGTCTGTTTGATGCTGTAGCCGCCGGAGTCAAAAGTGATACCTTTACCTACCAGGCACGCGTACACt > 1:84403/1‑289 (MQ=255) gACGCCCTTCGGCATCAGTGTTCATCACTTCAACTTTTTTACCGTTGCGATAGGTGATGATATCGCCCAGCTTGAACGCATTGCCGCTAATCAGGTTATCCGCACAGCAGAGGAACAGCTTCACGCGCTTGTTCAGTCCGCGCGTAATGGCAAATGCCAGCGCCCCGGTAACCGTTGCCGCGCCGCCCATGTCCGACTTCATCGAGTCCATAAACGCAGTCTGTTTGATGCTGTAGCCGCCGGAGTCAAAAGTGATACCTTTACCTACCAGGCACGCGTACACTGgcg > 1:51907/1‑288 (MQ=255) tCGGCATCAGTGTTCATCACTTCAACTTTTTTACCGTTGCGATAGGTGATGATATCGCCCAGCTTGAACGCATTGCCGCTAATCAGGTTATCCGCACAGCAGAGGAACAGCTTCACGCGCTTGTTCAGTCCGCGCGTAATGGCAAATGCCAGCGCCCCGGTAACCGTTGCCGCGCCGCCCATGTCCGACTTCATCGAGTCCATAAACGCAGTCTGTTTGATGCTGTAGCCGCCGGAGTCAAAAGTGATACCTTTACCTACCAGGCACGCGTACACTGGCGCTTCTTTAt < 2:178749/289‑1 (MQ=255) cAGTGTTCATCACTTCAACTTTTTTACCGTTGCGATAGGTGATGATATCGCCCAGCTTGAACGCATTGCCGCTAATCAGGTTATCCGCACAGCAGAGGAACAGCTTCACGCGCTTGTTCAGTCCGCGCGTAATGGCAAATGCCAGCGCCCCGGTAACCGTTGCCGCGCCGCCCATGTCCGACTTCATCGAGTCCATAAACGCAGTCTGTTTGATGCTGTAGCCGCCGGAGTCAAAAGTGATACCTTTACCTACCAGGCCCGCGTACACTGGCGCTTCTTTATCGCCAGt > 2:210408/1‑289 (MQ=255) cAGTGTTCATCACTTCAACTTTTTTACCGTTGCGATAGGTGATGATATCGCCCAGCTTGAACGCATTGCCGCTAATCAGGTTATCCGCACAGCAGAGGAACAGCTTCACGCGCTTGTTCAGTCCGCGCGTAATGGCAAATGCCAGCGCCCCGGTAACCGTTGCCGCGCCGCCCATGTCCGACTTCATCGAGTCCATAAACGCAGTCTGTTTGATGCTGTAGCCGCCGGAGTCAAAAGTGATACCTTTACCTACCAGGCACGCGTACACTGGCGCTTCTTTATCGCCAGt > 1:52792/1‑289 (MQ=255) cAGTGTTCATCACTTCAACTTTTTTACCGTTGCGATAGGTGATGATATCGCCCAGCTTGAACGCATTGCCGCTAATCAGGTTATCCGCACAGCAGAGGAACAGCTTCACGCGCTTGTTCAGTCCGCGCGTAATGGCAAATGCCAGCGCCCCGGTAACCGTTGCCGCGCCGCCCATGTCCGACTTCATCGAGTCCATAAACGCAGTCTGTTTGATGCTGTAGCCGCCGGAGTCAAAAGTGATACCTTTACCTACCAGGCACGCGTACACTGGCGCTTCTTTATCGCCAGt < 2:52792/289‑1 (MQ=255) cAACTTTTTTACCGTTGCGATAGGTGATGATATCGCCCAGCTTGAACGCATTGCCGCTAATCAGGTTATCCGCACAGCAGAGGAACAGCTTCACGCGCTTGTTCAGTCCGCGCGTAATGGCAAATGCCAGCGCCCCGGTAACCGTTGCCGCGCCGCCCATGTCCGACTTCATCGAGTCCATAAACGCAGTCTGTTTGATGCTGTAGCCGCCGGAGTCAAAAGTGATACCTTTACCTACCAGGCACGCGTGCACTGGCGCTTCTTTATCGCCAGTTGGGTTGTAATCCa > 2:474499/1‑288 (MQ=255) cAACTTTTTTACCGTTGCGATAGGTGATGATATCGCCCAGCTCGAACGCATTGCCGCTAATCAGGTTATCCGCACAGCAGAGGAACAGCTTCACGCGCTTGTTCAGTCCGCGCGTAATGGCAAATGCCAGCGCCCCGGTAACCGTTGCCGCGCCGCCCATGTCCGACTTCATCGAGTCCATAAACGCAGTCTGTTTGATGCTGTAGCCGCCGGAGTCAAAAGTGATACCTTTACCTACCAGGCACGCGTACACTGGCGCTTCTTTATCGCCAGTTg > 2:297438/1‑276 (MQ=255) cAACTTTTTTACCGTTGCGATAGGTGATGATATCGCCCAGCTCGAACGCATTGCCGCTAATCAGGTTATCCGCACAGCAGAGGAACAGCTTCACGCGCTTGTTCAGTCCGCGCGTAATGGCAAATGCCAGCGCCCCGGTAACCGTTGCCGCGCCGCCCATGTCCGACTTCATCGAGTCCATAAACGCAGTCTGTTTGATGCTGTAGCCGCCGGAGTCAAAAGTGATACCTTTACCTACCAGGCACGCGTACACTGGCGCTTCTTTATCGCCAGTTg < 1:297438/276‑1 (MQ=255) ttACCGTTGCGATAGGTGATGATATCGCCCAGCTTGAACGCATTGCCGCTAATCAGGTTATCCGCACAGCAGAGGAACAGCTTCACGCGCTTGTTCAGTCCGCGCGTAATGGCAAATGCCAGCGCCCCGGTAACCGTTGCCGCGCCGCCCATGTCCGACTTCATCGAGTCCATAAACGCAGTCTGTTTGATGCTGTAGCCGCCGGAGTCAAAAGTGATACCTTTACCTACCAGGCACGCGTACACTGGCGCTTCTTTATCGCCAGTTGGGTTGTACTCCAGCGCCAGCa > 1:132362/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |