| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,815,858 | Δ82 bp | [rph]–[rph] | [rph], [rph] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3815858 | 3815939 | 82 | 71 [0] | [0] 71 | [rph]–[rph] | [rph], [rph] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3815857 | 0 (0.000) | 67 (1.050) | 50/264 | 0.2 | 100% | pseudogene (24/48 nt) | rph | ribonuclease PH (defective),enzyme, Degradation of RNA, RNase PH |
| ? | NC_000913 | 3815940 = | 0 (0.000) | pseudogene (609/669 nt) | rph | ribonuclease PH (defective),enzyme, Degradation of RNA, RNase PH | |||||
ACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCT > NC_000913/3815798‑3816081 | acccctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttactttcctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcc < 2:463892‑M2/1‑1 (MQ=255)acacctgcgtgctcagcgcaaatccactaaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttcgctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcc < 2:508232‑M2/1‑1 (MQ=255) cacctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCg > 2:577718‑M2/142‑143 (MQ=255) ctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaactcagtttaccagcgccgccttctccCGTcc > 1:581366‑M2/139‑143 (MQ=255) ctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTcc > 2:519417‑M2/139‑143 (MQ=255) tgcttgctaagcgcaaattcaataacctggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTccc < 2:9648‑M2/6‑1 (MQ=255) tttgctatccgcaacttcaattagctggcgctgatttgttttcatgccttcgctccgcatcttacgtttcttcagacaaataacaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCt < 1:417092‑M2/8‑1 (MQ=255) gctacgcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCa < 2:538909‑M2/11‑1 (MQ=255) aagcgcaaattcaataaactggagctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagcttgccagcgccgccttctgcCCTCCCCTCCACtt > 1:820704‑M2/130‑143 (MQ=255) gcgcaaattcagtaaactggcgctcatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCa < 2:452061‑M2/16‑1 (MQ=255) cgcaacttcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCaa < 2:731877‑M2/17‑1 (MQ=255) cgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCaa > 2:726152‑M2/127‑143 (MQ=255) aaatttcataaactggcgcggatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAatga < 1:285239‑M2/20‑1 (MQ=255) aaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAatga > 2:1059942‑M2/124‑143 (MQ=255) aattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatccgtcgccttaaaaatcattttgccagcgccgccttctgcCGTCCACTGCACTTCAatgat > 2:292272‑M2/123‑143 (MQ=255) atgtgctggcgctgatatggtttcatgcatgttctctgcatcccactctgctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGccc < 1:576476‑M2/27‑1 (MQ=255) ataatctggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCTCCTGCACTTCAATGATGCGccc < 1:1054986‑M2/27‑1 (MQ=255) ataaagtggcgctgatatggtttcatgcctgcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGccc < 2:409379‑M2/27‑1 (MQ=255) taaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCg > 2:35652‑M2/116‑143 (MQ=255) aactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTACACCTCCACGATGCGCccgac > 1:146322‑M2/114‑141 (MQ=255) tggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTc < 1:27475‑M2/33‑1 (MQ=255) ggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCg < 2:222045‑M2/34‑1 (MQ=255) ctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaacggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATCATGCGCCCGTCTTCGGtca > 1:141350‑M2/106‑143 (MQ=255) ctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGAGCCCGTCTTCGGtca > 1:139939‑M2/106‑143 (MQ=255) gatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaagaaaaaggcgactcagcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatc < 2:275160‑M2/40‑1 (MQ=255) tatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCACTGCTGCTCCCGTCTTCCGTCATCAc > 2:1028166‑M2/102‑143 (MQ=255) tatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATACGCCCGCCTTCggtcatccc > 2:523182‑M2/102‑141 (MQ=255) atgccttcgctcctcaacttacttttcgacagacaaaaaaaaggcgactcatcggtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCAt < 1:615377‑M2/51‑1 (MQ=255) cctcatcttacttctctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTg < 1:44070‑M2/62‑1 (MQ=255) tcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgcctgaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCg < 1:1119405‑M2/64‑1 (MQ=255) cttcttcttcttcttcagacaaaaaaaatgcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCgg < 1:1033564‑M2/65‑1 (MQ=255) catcttacttttctacagacaaaaaacaggcgactcctccgtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCgg < 2:14179‑M2/65‑1 (MQ=255) ttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtggtcttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCaga < 1:1017205‑M2/69‑1 (MQ=255) ttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTCCGTTCATGCCGGTCTCTGCGGCaga > 2:414888‑M2/75‑143 (MQ=255) ttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGCCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGcagg > 2:574606‑M2/75‑142 (MQ=255) gtacttgtctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCaga < 1:950387‑M2/69‑1 (MQ=255) ttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCt > 1:84319‑M2/71‑143 (MQ=255) ttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCACTGCAGACCTATGATGCGCGCGTCTTCGGACATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCt > 2:444986‑M2/71‑143 (MQ=255) ttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTc < 2:1013139‑M2/75‑1 (MQ=255) tctacacacaaaaacacggcgacttatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCTTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCa < 1:114918‑M2/76‑1 (MQ=255) tacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGCGTCTTCAAc > 2:1093346‑M2/66‑143 (MQ=255) tacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGCTccctgcggcagactacgccca > 1:1026799‑M2/66‑134 (MQ=255) acaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCGCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGGCTTCAACGTAtt > 2:66839‑M2/61‑143 (MQ=255) acaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTAtt < 2:855598‑M2/83‑1 (MQ=255) 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atcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCACCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGGCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACGGCTTTGCGGTGCAGAATTcc > 2:454061‑M2/27‑143 (MQ=255) cgggttcccagggcccccttccgcCGTCCCCTGCACTGCGATGATGCGCCCGTCTTCCGTCATCACTACGCTCATGGCGGGCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGa < 1:1199508‑M2/119‑1 (MQ=255) cagtttgccagcgccgctttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACGACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGa < 2:567150‑M2/119‑1 (MQ=255) tttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCCACGTATTCCTGTTCGCAAACAGCTTCGCCTTTCAAAATTACCACAg > 2:135505‑M2/22‑143 (MQ=255) ccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAAc > 2:770441‑M2/18‑143 (MQ=255) cagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCACGACTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATGCCAGATCACAGACCGCTTGGCCGTTCACAAATCAGacggagaac > 1:83944‑M2/17‑139 (MQ=255) agcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTGGGTCATCACTACGTTCCTGTGGGTCGCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACACTTCCGCCAGGACCTg > 2:92761‑M2/16‑143 (MQ=255) ccccccctcctccCGTCCCCGGCACCTCAATCGTCCCCCCGTCTTCGGTCCTCACTACCTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATCCCAGATCGCAAACCGCCTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCg < 1:1021725‑M2/130‑1 (MQ=255) gccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCgg < 2:203980‑M2/131‑1 (MQ=255) cgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAAGGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCt < 2:767398‑M2/133‑1 (MQ=255) gcCGTCCCATGCACTTGATTGATGCGTCCGTCTTCGGTCATCACTCCGTTCATGTCGGTCGCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAACCCGCTTCGCCGTTCACAATTTCGACAGAAACTGCGGCTACCATccc < 1:1114792‑M2/141‑1 (MQ=255) cCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGCCTACCATCCCt > 2:896186‑M2/2‑143 (MQ=255) | ACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCT > NC_000913/3815798‑3816081 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |