| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,158,384 | G→A | W172* (TGG→TGA) | ptsG → | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,158,384 | 0 | G | A | 94.3% | 86.8 / NA | 36 | W172* (TGG→TGA) | ptsG | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (18/15); minor base C (1/1); total (19/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
GCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTC > NC_000913/1158244‑1158522 | gCGATCGCGGCGCACAGGTTTCACCGTTTCTACCGTATTAAGCCGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCGTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTACCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGacc < 1:484529/143‑1 (MQ=255) ggaCATGTTGAGCCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGGGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGtt < 2:696676/141‑1 (MQ=255) ttAACCGTTTCTACCATATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACACTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATc > 2:743054/1‑143 (MQ=255) aaCCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCa > 1:35630/1‑143 (MQ=255) aCCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAg < 2:169943/143‑1 (MQ=255) cGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGAc > 1:292950/1‑143 (MQ=255) tACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTACTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCCGACCTgctc > 1:862831/1‑143 (MQ=255) gCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAATCGCTTTGTGCCGATCATTTCTTGCCTGGCTGCCAGCGTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGgctg < 1:458557/143‑1 (MQ=255) gCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGgctg < 1:360260/143‑1 (MQ=255) tGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCGGTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGGCATCATTACTGGCGTTGTGCTGTACTTCATGTCACCGCAGATTGGGTATGCAATCGAGACCTTCTCTCAATGGacggct > 2:261058/1‑143 (MQ=255) gCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCCTCTCTACGTGGGCTGCtt > 2:749202/1‑143 (MQ=255) ccTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGCCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTCCCCCAAGGGGGCTGCTTa > 1:823499/1‑143 (MQ=255) gAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCa < 1:523361/143‑1 (MQ=255) tATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGaa < 1:315065/143‑1 (MQ=255) cTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTACCCTGGCTGCCACCTTTACTGGCGTTGACCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATCGGTCGTGCAATCCAGACCTACTCTCCGTACCCCGCTTAGCAGAAccg > 2:555252/1‑142 (MQ=255) ttGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCg > 1:804704/1‑143 (MQ=255) ttGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGCCATCAACAAGAGTTCTGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCg > 1:404957/1‑143 (MQ=255) ccgTAAACGCTTTGGGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGTCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTg < 1:858657/141‑1 (MQ=255) aCGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCAttt > 2:674114/1‑143 (MQ=255) gCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGAGAATTGGGTCTGCAATCCAGACCTCCACTCAAGGGGCTGCTTCCCAGAACCCTGTAGTTGCCTTTGGAAtttcg > 2:57993/1‑141 (MQ=255) tttGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCCGCACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACgg > 1:848185/1‑143 (MQ=255) ttGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGt > 1:669517/1‑143 (MQ=255) gCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTCCCCGTTTTGTGTTGCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCa < 1:405138/143‑1 (MQ=255) tggcTGCCATCTTCGCTTGCGTTGTGCTTTCCTTCCTTGGACCGTCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGATCCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTa < 2:829659/143‑1 (MQ=255) ccATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGttt < 1:99156/143‑1 (MQ=255) tCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGt < 1:484727/143‑1 (MQ=255) cTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTc < 1:214293/143‑1 (MQ=255) cTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGcac < 1:743054/143‑1 (MQ=255) tgtcCTGCCCTTCATCTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGTCCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTTCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCt < 1:859060/143‑1 (MQ=255) cTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTCCCGTTTGGTCTGCACCCCATCTGGaa > 1:726244/1‑143 (MQ=255) tGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCAGATCTGGAAc > 1:84179/1‑143 (MQ=255) tGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAAc > 2:417341/1‑143 (MQ=255) tGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAAc > 1:723939/1‑143 (MQ=255) ccTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTa < 1:461380/143‑1 (MQ=255) ttCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTGCGGTTTCATCGAACGTTGCGTGGTACCGTTTGGTCTGCCCCACAGGTGGAACGTAct > 2:701458/1‑142 (MQ=255) ttCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGGTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGaaaggtac < 1:814089/143‑7 (MQ=255) tttGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTc < 1:417341/143‑1 (MQ=255) | GCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTC > NC_000913/1158244‑1158522 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |