| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,876,376 | G→T | 20.0% | intergenic (‑47/‑205) | cysD ← / → iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,876,376 | 0 | G | T | 20.0% | 77.7 / 14.8 | 30 | intergenic (‑47/‑205) | cysD/iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/12); new base T (3/3); total (15/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
ACGATCGCGGAACTCATACATCTCGCGGAATTTCCAGCCGGTATCGACATGCAGCAACGGGAAAGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGTAAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGTATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTC > NC_000913/2876096‑2876654 | aCGATCGCGGAACTCATACATCTCGCGGAATTTCCAGCCGGTATCGACATGCAGCAACGGGAAAGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACtata < 1:416675/287‑1 (MQ=255) tCGCGGAACTCATACATCTCGCGGAATTTCCAGCCGGTATCGACATGCAGCAACGGGAAAGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGc > 2:334439/1‑289 (MQ=255) cgGAATTTCCAGCCGGTATCGACATGCAGCAACGGGAAAGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAAtt > 2:449532/1‑288 (MQ=255) aTTTCCAGCCGGTATCGACATGCAGCAACGGGAAAGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCaa < 2:474757/289‑1 (MQ=255) tATCGACATGCAGCAACGGGAAAGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGagt < 1:449532/288‑1 (MQ=255) cGGGAAAGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATa > 1:429977/1‑289 (MQ=255) cGGGAAAGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATa > 1:313694/1‑289 (MQ=255) 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aTGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCg < 2:77629/289‑1 (MQ=255) aTAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCCCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGaaa > 1:78763/1‑289 (MQ=255) cACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAAt < 1:294467/276‑1 (MQ=255) cACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAAt > 2:294467/1‑276 (MQ=255) taatGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGtt > 2:481425/1‑262 (MQ=255) taatGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGtt < 1:481425/262‑1 (MQ=255) 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cATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGTAAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGTATGCTTTATTCTCCCCGTACACGc < 2:313694/289‑1 (MQ=255) cAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGTAAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGTATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTc < 1:100853/289‑1 (MQ=255) | ACGATCGCGGAACTCATACATCTCGCGGAATTTCCAGCCGGTATCGACATGCAGCAACGGGAAAGGCAGCGTACCTGGATAAAACGCCTTGCGCGCCAGATGCAGCATGACGCTGGAATCTTTACCGATAGAGTAGAGCATCACCGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGTAAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGTATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTC > NC_000913/2876096‑2876654 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |