| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,478,545 | C→T | 5.1% | F233F (TTC→TTT) | dsdX → | D‑serine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,478,545 | 0 | C | T | 5.1% | 270.8 / 2.9 | 78 | F233F (TTC→TTT) | dsdX | D‑serine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/35); new base T (2/2); total (41/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
TCATTATTAAAGCTTGCCATTCCGCTATGTACCGCATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACGATGCTCACACATACGGAAAATGGCTTCGGTTCTATTGCTAATATTTTGCTGATTATCGGGGCCGGAGGCGCATTCAACGCCATTTTAAAAAGCAGCAGTCTC > NC_000913/2478261‑2478827 | tCATTATTAAAGCTTGCCATTCCGCTATGTACCGCATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCa < 2:349241/289‑1 (MQ=255)tCATTATTAAAGCTTGCCATTCCGCTATGTACCGCATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCa < 1:30759/289‑1 (MQ=255) tGCCATTCCGCTATGTACCGCATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCAtt > 1:545731/1‑289 (MQ=255) tGCCATTCCGCTATGTACCGCATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCAtt > 1:779683/1‑289 (MQ=255) tGCCATTCCGCTATGTACCGCATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATAATGCTACCCAtt > 1:821684/1‑289 (MQ=255) cATTCCGCTATGTACCGCATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTgcg < 2:17568/289‑1 (MQ=255) cATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAAc > 1:521898/1‑289 (MQ=255) cATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAAc > 1:415696/1‑289 (MQ=255) cATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACAATACCGTCATTCGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGATGATGTTGGTTCAAAc > 2:458660/1‑289 (MQ=255) tGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGAt > 1:198136/1‑289 (MQ=255) 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aTGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGAtt > 1:867587/1‑288 (MQ=255) gtcAGTGCGCTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGcc < 1:204325/287‑1 (MQ=255) aGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTTACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGaa > 2:690352/1‑289 (MQ=255) gTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAAt > 1:221704/1‑289 (MQ=255) tGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCa > 1:375387/1‑255 (MQ=255) tGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCa < 2:375387/255‑1 (MQ=255) cACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAAt < 2:430172/286‑1 (MQ=255) cACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAAt > 1:430172/1‑286 (MQ=255) ggTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGgc > 1:807501/1‑288 (MQ=255) 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TCATTATTAAAGCTTGCCATTCCGCTATGTACCGCATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACGATGCTCACACATACGGAAAATGGCTTCGGTTCTATTGCTAATATTTTGCTGATTATCGGGGCCGGAGGCGCATTCAACGCCATTTTAAAAAGCAGCAGTCTC > NC_000913/2478261‑2478827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |