| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,683,472 | G→A | intergenic (‑25/+158) | dctA ← / ← yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,683,472 | 0 | G | A | 99.4% | 566.6 / ‑6.0 | 160 | intergenic (‑25/+158) | dctA/yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (85/74); total (86/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
CCGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAAT > NC_000913/3683329‑3683616 | ccGTCTCCAAGCGGTTTCATTTCCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCGTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAAGTCtt < 2:298955/149‑1 (MQ=255)ccGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAAGTCtt < 7:176590/149‑1 (MQ=255) gTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAACCCACAAGTCTTg > 2:66203/1‑148 (MQ=255) ccAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCATGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAAGTCTTGTAAgg < 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NC_000913/3683329‑3683616 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |