| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,665,308 | A→G | 4.3% | intergenic (+66/‑125) | yfhR → / → csiE | putative S9 family prolyl oligopeptidase/stationary phase inducible protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,665,308 | 0 | A | G | 4.3% | 328.5 / 3.2 | 93 | intergenic (+66/‑125) | yfhR/csiE | putative S9 family prolyl oligopeptidase/stationary phase inducible protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/45); new base G (2/2); total (46/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
CGCCAGCGTCAGCCCGATCCCGCTTTTACTCATTCACGGTAAAGCTGATCACGTTATCCCATGGCAGCACAGCGAAAAGTTGTATAGCCTGGCAAAAGAGCCAAAACGGTTGATCCTAATCCCGGATGGCGAACACATTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACA > NC_000913/2665020‑2665594 | cGCCAGCGTCAGCCCGATCCCGCTTTTACTCATTCACGGTAAAGCTGATCACGTTATCCCATGGCAGCACAGCGAAAAGTTGTATAGCCTGGCAAAAGAGCCAAAACGGTTGATCCTAATCCCGGATGGCGAACACATTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGa < 2:403307/289‑1 (MQ=255) ccAGCGTCAGCCCGTTCCCGCTTTTACTCATTCACCGGAAAGCTGAGCACGTTATCCCATGGCAGCACAGCGAAAAGTTGTATAGCCTGGCAAAATAGCCAAAACGGTTGATCCTAATCCCGGATGGCGAACACATTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGaa < 1:432819/288‑1 (MQ=255) cTTTTACTCATTCACGGTAAAGCTGATCACGTTATCCCATGGCAGCACAGCGAAAAGTTGTATAGCCTGGCAAAAGAGCCAAAACGGTTGATCCTAATCCCGGATGGCGAACACATTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATTCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAATAGTTTAAGATGAGAAAAAtt > 2:617593/1‑289 (MQ=255) cGGTAAAGCTGATCACGTTATCCCATGGCAGCACAGCGAAAAGTTGTATAGCCTGGCAAAAGAGCCAAAACGGTTGCTCCTAATCCCGGATGGCGAACACAGTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTGTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGcc < 1:658688/289‑1 (MQ=255) cGGTAAAGCTGATCACGTTATCCCATGGCAGCACAGCGAAAAGTTGTATAGCCTGGCAAAAGAGCCAAAACGGTTGATCCTAATCCCGGATGGCGAACACATTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGcc < 1:186746/289‑1 (MQ=255) cGGTAAAGCTGATCACGTTATCCCATGGCAGCACAGCGAAAAGTTGTATAGCCTGGCAAAAGAGCCAAAACGGTTGATCCTAATCCCGGATGGCGAACACATTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGcc < 1:762929/289‑1 (MQ=255) aaGCTGATCACGTTATCCCATGGCAGCACAGCGAAAAGTTGTATAGCCTGGCAAAAGAGCCAAAACGGTTGATCCTAATCCCGGATGGCGAACACATTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGaa > 2:695505/1‑249 (MQ=255) aaGCTGATCACGTTATCCCATGGCAGCACAGCGAAAAGTTGTATAGCCTGGCAAAAGAGCCAAAACGGTTGATCCTAATCCCGGATGGCGAACACATTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGaa < 1:695505/249‑1 (MQ=255) gATCACGTTATCCAATGGCAGCAATGCGAAAAGTTGTATAGCCTTGCAAAAGAGGCAAAACGGTTGATCCTAATCCCGGATGGCGAACACATTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCtg < 1:601914/289‑1 (MQ=255) aTCACGTTATCCCATGGCAGCACAGCGAAAAGTTGTATAGCCTGGCAAAAGAGCCAAAACGGTTGATCCTAATCCCGGATGGCGAACACATTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCtga > 1:837584/1‑289 (MQ=255) 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tCCCATTGCGGCACAGCGAAAAGTTGTATAGCCTGGCAAAAGAGCCAAAACGGTTGATCCTAATCCCGGATGGCGAACACATTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCa < 1:678986/289‑1 (MQ=255) tCCCATGGCAGCACAGCGAAAAGTTGTATAGCCTGGCAAAAGAGCCAAAACGGTTGATCCTAATCCCGGATGGCGAACACATTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCa < 1:379478/289‑1 (MQ=255) cccATGGCAGCACAGCGAAAAGTTGTATAGCCTGGCAAAAGAGCCAAAACGGTTGATCCTAATCCCGGATGGCGAACACATTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCAt > 1:739544/1‑289 (MQ=255) 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tataGCCTGGCAAAAGAGCCAAAACGGTTGATCCTAATCCCGGATGGCGAACACATTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATTCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAAAATTTCTGATTATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCaac > 1:845832/1‑288 (MQ=255) ataGCCGGGCAACAGAGCCAAAACGGTTGAGCCTAATCCCGGTTGGCGAAAACATTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGAGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAAc < 1:617593/289‑1 (MQ=255) ccTGGCAAAAGAGCCAAAACGGTTGATCCTAATCCCGGATGGCGAACACATTGATGCTTTTTCCGATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATTCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGGACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCCCCATTTCCTTGAGCAAACttt > 1:135575/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |