| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,677,913 | T→C | 61.4% | intergenic (‑10/‑514) | pntA ← / → ydgH | pyridine nucleotide transhydrogenase, alpha subunit/DUF1471 family periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,677,913 | 0 | T | C | 61.4% | 61.9 / 82.7 | 75 | intergenic (‑10/‑514) | pntA/ydgH | pyridine nucleotide transhydrogenase, alpha subunit/DUF1471 family periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/16); new base C (21/25); total (34/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
AACTCACCAGCGTTGTCCCAGGATTCAGTAACGCAATTTCATCATCTAACGGCGCATTGACCTTCAGAATGATCTCTGACTGCCAGACGCTATTCCCTTCTACAATTTCAGCGCCCGCTTGCACAAACGCTTTATCGTCAAAACTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGATAAACACCTTAGAACGCCGGATAAAGACTGATAATTGTCTTCGACGGTCGGGTAAAACGAGACATCGCCCCGGCACGAAT > NC_000913/1677630‑1678195 | aaCTCACCAGCGTTGTCCCAGGATTCAGTAACGCAATTTCATCATCTAACGGCGCATTGACCTTCAGAATGATCTCTGACTGCCAGACGCTATTCCCTTCTACAATTTCAGCGCCCGCTTGCACAAACGCTTTATCGTCAAAACTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCAt < 2:243832/289‑1 (MQ=255) aCCAGCGTTGTCCCAGGATTCAGTAACGCAATTTCATCATCTAACGGCGCATTGACCTTCAGAATGATCTCTGACTGCCAGACGCTATTCCCTTCTACAATTTCAGCGCCCGCTTGCACAAACGCTTTATCGTCAAAACTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGGtt > 2:98271/1‑289 (MQ=255) ccAGCGTTGTCCCAGGATTCAGTAACGCAATTTCATCATCTAACGGCGCATTGACCTTCAGAATGATCTCTGACTGCCAGACGCTATTCCCTTCTACAATTTCAGCGCCCGCTTGCACAAACGCTTTATCGTCAAAACTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGTCAATTCGCATGATCTTCCTTTCCATCGGttt > 1:798817/1‑289 (MQ=255) cGTTGTCCCAGGATTCAGTAACGCAATTTCATCATCTAACGGCGCATTGACCTTCAGAATGATCTCTGACTGCCAGACGCTATTCCCTTCTACAATTTCAGCGCCCGCTTGCACAAACGCTTTATCGTCAAAACTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTAtt > 2:105491/1‑289 (MQ=255) cGTTGTCCCAGGATTCAGTAACGCAATTTCATCATCTAACGGCGCATTGACCTTCAGAATGATCTCTGACTGCCAGACGCTATTCCCTTCTACAATTTCAGCGCCCGCTTGCACAAACGCTTTATCGTCAAAACTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTAtt > 2:213487/1‑289 (MQ=255) tCCCAGGATTCAGTAACGCAATTTCATCATCTAACGGCGCATTGACCTTCAGAATGATCTCTGACTGCCAGACGCTATTCCCTTCTACAATTTCAGCGCCCGCTTGCACAAACGCTTTATCGTCAAAACTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATtgatga > 2:64911/1‑289 (MQ=255) tCCCAGGATTCAGTAACGCAATTTCATCATCTAACGGCGCATTGACCTTCAGAATGATCTCTGACTGCCAGACGCTATTCCCTTCTACAATTTCAGCGCCCGCTTGCACAAACGCTTTATCGTCAAAACTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCCTCCATCGGTTTTATtgatga > 2:851064/1‑289 (MQ=255) 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atTACCCTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGATAAACACCTTAGAACGCCGGATAAAGACTGATAATTGTCTTCGACGGTCGGGTAAAACGAGACATCGCCCCGGCACGAAt < 2:291879/289‑1 (MQ=255) | AACTCACCAGCGTTGTCCCAGGATTCAGTAACGCAATTTCATCATCTAACGGCGCATTGACCTTCAGAATGATCTCTGACTGCCAGACGCTATTCCCTTCTACAATTTCAGCGCCCGCTTGCACAAACGCTTTATCGTCAAAACTTGCCAGTTGACCCGCGCCGCTCTCTACCGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTTCGGCGTGAACTCGCAAAATATTAACGATTCAGCCGTGATAGTGGGATAAACACCTTAGAACGCCGGATAAAGACTGATAATTGTCTTCGACGGTCGGGTAAAACGAGACATCGCCCCGGCACGAAT > NC_000913/1677630‑1678195 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |