| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3252195 = | 6 (0.080) | 84 (1.080) | 60/280 | 0.2 | 93.3% | intergenic (+187/‑107) | yqjG/yhaH | putative S‑transferase/DUF805 family inner membrane protein |
| ? | NC_000913 | 3583427 = | NA (NA) | intergenic (+10/‑55) | yrhA/insA | pseudogene, interrupted by IS1E/IS1 repressor TnpA | |||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
TGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTTTATTAATTCCTTGAACGAATATTTACTGCCATTTCATTCACGTCTATTCTTAATTTGCTGCTTTAAAAACAAGTGATTGAGCAAAATTGAGGCAAAAATGGACTGGTATCTGAAAGTACTAAAAAATTATG > NC_000913/3252053‑3252335 | gttgttCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCCTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTcc > 1:89917/1‑142 (MQ=255) gttggtCATGTCGAATATGACATGAGCGCCTAAGCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCa < 2:210550/143‑1 (MQ=255) cgctgatgtccggcggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCa > 1:168043‑M1/142‑143 (MQ=255) gTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATAAGACTTAACTCGCCTTCACGGCACTgg > 1:1007824‑M1/1‑141 (MQ=255) ggcggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACGGCACTttat > 1:567025‑M1/131‑143 (MQ=255) gATGTGGCATGAAGGCCTTAGCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTggtaat < 1:713044‑M1/143‑7 (MQ=255) tgtgGCATGAACGCCTTATCTGACCTACAAAACATTGTACATTGAGTCGCTCACAAAACCCTCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTggtaatga < 2:984412‑M1/143‑9 (MQ=255) gtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaacatcataccctaaatcagtaagacggcagcagcaccCACGGCACATTAGTAAt < 2:501178‑M1/17‑1 (MQ=255) gtgGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTggtaatgac < 2:1124793‑M1/143‑10 (MQ=255) gtgGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTggtaatgac > 2:961527‑M1/1‑134 (MQ=255) tgGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGTGCCTTCACGGCACTggtaatgact > 1:327539‑M1/1‑133 (MQ=255) gcgtgaaCGGCTGATCTGACAGACAAAACATTGTGCATTCAGTGGATTGCATAGCCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTggtaatgactcc < 1:30710‑M1/140‑13 (MQ=255) aTGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTggtaatgactccaa > 1:1199277‑M1/1‑129 (MQ=255) aTGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTgggaatgactccaa > 1:248414‑M1/1‑129 (MQ=255) tGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTggtaatgactccaac < 1:153750‑M1/143‑16 (MQ=255) tGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGACGATTTTGCGGTTGTCATCAGTCTTAGCGCGGCTTCGCGGCACTggtgctgtctccgac > 1:85469‑M1/1‑128 (MQ=255) gAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAACGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTggtaatgcctccaact > 1:499481‑M1/1‑127 (MQ=255) cgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACGGCACTTTATTAATTCCTTGAACg < 1:577772‑M1/27‑1 (MQ=255) cgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCACGGCACTTTATTAATTCCTTGAACg < 2:1344185‑M1/27‑1 (MQ=255) 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gcatcaccCACGGCACTTTATTAATTCCTTGAACGAATAGTTACTGCCATTTCATTCACGTCTATTCTTAATGTGCTGCTTTAAAAACAAGTGATTGAGCAAAATTGAGGCAAAAATGGACTGGTATCTGAAAGTACTaaaaa > 1:751290‑M1/9‑143 (MQ=255) gcgcCTTCACGGCACTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagc < 2:448483‑M1/143‑128 (MQ=255) gcgcCTTCACGGCACTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttca > 2:83416‑M1/1‑16 (MQ=255) catcaccCACGGCACTTTATTAATTCCTTGAACGAATATTTACTGCCATTTCATTCACGTCTCTTCGTAATTTGCTGCTTTAAAAACAAGTGATTGAGCAAAATTGAGGCAAAAATGGACTGGTATCTGAAAGTACTaaaaaa < 2:1211724‑M1/136‑1 (MQ=255) cgtcaCGGCACTggtagtgactccgacttattgagagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagattca < 1:1129949‑M1/141‑132 (MQ=255) cTTCACGGCACTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgcccggtgctgcctcagattca > 2:911037‑M1/1‑12 (MQ=255) accCACGGCACTTTATTAATTCCTTGAACGAATATTTACTGCCATTTCATTCACGTCTATTCTTAATTTGCTGCTTTAACGAGAGGTTATTGAGCAACATTGAGGCAAAAATGGACTGGTATCTGAAAGTCCTAAAAAATTAt < 2:437544‑M1/140‑1 (MQ=255) accCACGGCACTTTATTAATTCCTTGAACGAATATTTACTGCCATTTCATTCACGTCTATTCTTAATTTGCTGCTTTAAAAACAAGTGATTGAGCAAAATTGAGGCAAAAATGGACTGGTATCTGAAAGTACTAAAAAATTAt > 1:994486‑M1/4‑143 (MQ=255) ttCACGGCACTggtaatgcctccagcttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagattcag < 1:23607‑M1/143‑133 (MQ=255) ttCACGGCACTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagatcatgcgtcacctcgttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagattcag < 2:309999‑M1/143‑133 (MQ=255) ttCACGGCACTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagattcag < 1:734392‑M1/143‑133 (MQ=255) | TGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAAGCGTAGCGCATCTGGCGATTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTTTATTAATTCCTTGAACGAATATTTACTGCCATTTCATTCACGTCTATTCTTAATTTGCTGCTTTAAAAACAAGTGATTGAGCAAAATTGAGGCAAAAATGGACTGGTATCTGAAAGTACTAAAAAATTATG > NC_000913/3252053‑3252335 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |