| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,557,266 | C→T | 5.3% | Y91Y (TAC→TAT) | iraD → | RpoS stabilzer after DNA damage, anti‑RssB factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,557,266 | 0 | C | T | 5.3% | 240.6 / 3.5 | 76 | Y91Y (TAC→TAT) | iraD | RpoS stabilzer after DNA damage, anti‑RssB factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/37); new base T (2/2); total (37/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.20e-01 | |||||||||||
ATCACTTCAGGCTGTTTTACCTGAAATTTCAGGCAATAAAACGTCATCGCTGCGTAAATCGGTATGCAGCGATCTCCTCACTCTTTTTAATTCTCCTCATTCGGCATTACCGTCATTACTTGTTTCAGGCATGCCCGAGTGGCAAGTGCATAACCCGAGCGACAAACATCTCCAGAGCTGGTATTGCCGTCAGCTGCGTTCTGCACTGTTATTTCATGAGCCACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGTTGGCGCAGTGCGACGCTGGAGAATGTCAGCTAAGCACAATCTCCAGCTCGCGCAGTTCACGCCAGAAGCGTTCGGCAACGGGATTCATGCGGGTATTCATCCGGTATGCATAGGCCTGAATCGGGATCACCAGTTCGTCCCGATTCAGTACAACGAGCTTCCCGCTGCGAATTTCTTG > NC_000913/4557005‑4557531 | aTCACTTCAGGCTGTTTTACCTGAAATTTCAGGCAATAAAACGTCATCGCTGCGTAAATCGGTATGCAGCGATCTCCTCACTCTTTTTAATTCTCCTCATTCGGCATTACCGTCATTACTTGTTTCAGGCATGCCCGAGTGGCAAGTGCATAACCCGAGCGACAAACATCTCCAGAGCTGGTATTGCCGTCAGCTGCGTTCTGCACTGTTATTTCATGAGCCACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTgg > 2:122204/1‑275 (MQ=255) 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tATTGCCGTCAGCTGCGTTCTGCACTGTTATTTCATGAGCCACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGTTGGCGCAGTGCGAc < 1:253445/182‑1 (MQ=255) tGCCGTCAGCTGCGTTCTGCACTGTTATTTCATGAGCCACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGTTGGCGCAGTGCGACGCTGGAGAATGTCAGCTAAGCACAATCTCCAGCTCGCGCAGTTCACGCCAGAAGCGTTCGGCAACGGGATTCATGCGGGTATTCATCCGGTATGCa < 2:36822/275‑1 (MQ=255) gCCGTCAGCTGCGTTCTGCACTGTTATTTCATGAGCCACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGTTGGCGCAGTGCGACGCTGGAGAATGTCAGCTAAGCACAATCTCCAGCTCGCGCAGTTCACGCCAGAAGCGTTCGGCAACGGGATTCATCCGGGTATTCATCCGGTATgacc > 2:489332/1‑272 (MQ=255) 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ttCATGAGCCACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGTTGGCGCAGTGCGACGCTGGAGAATGTCAGCTAAGCACAATCTCCAGCTCGCGCAGTTCACGCCAGAAGCg < 1:159049/207‑1 (MQ=255) tGAGCCACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGAt > 2:7252/1‑124 (MQ=255) tGAGCCACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGTTGGCGCAGTGCGACGCTGGAGAATGTAAGCTAAGCACAATCTCCAGCTCGCGCAGTTCACGCCAGAAGCGTTCGGCAACGGGATTCATGCGGGTATTCAACCGGTATGCATAGGCCTGAATCGGGAACACAAGTACGTccgg > 1:241938/1‑273 (MQ=255) aGCCACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGTTGGCGCAGTGCGACGCTGGAGAATGTCAGCTAAGCACAATCTCCAGCTCGCGCAGTTCACGCCAGAAGCGTTCGGCAACGGGATTCATGCGGGTATTCATCCGGTa > 2:411069/1‑237 (MQ=255) 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aGCCACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGTTGGAGCAGTGCGACGCTGGAGAATGTCAGCTAAGCACAATCTCCAGCTCGCGCAGTTCACGCCAGAAGCGTTCGGCAACGGGATTCATGCGGGTATTCATCCGGTATGCATATGCCTGAATCGGGATCACCAGCTCGTCCCg > 2:469802/1‑273 (MQ=255) ccACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATg < 1:7252/124‑1 (MQ=255) aCGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGTTGGCGCAGTGCGACGCTGGAGAATGTCAGCTAAGCACAATCTCCAGCTCGCGCAGTTCACGCCAGAAGCGTTCGGCAACGGGATTCATGC‑GGTATTCATCCGGTATGCATAGGCCTGAATCGGGATCACCAGtt < 2:445372/261‑1 (MQ=255) cggcgTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGTTGGCGCAGTGCg > 1:472856/1‑131 (MQ=255) 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gaagCGTACTGCACCACCCTGGCGATCAGCCTGGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGTTGGCGCAGTGCGACGCTGGAGAATGTCAGCTAAGCACAATCTCCAGCTCGCGCAGTTCACGCCAGAAGCGTTCGGCAACGGGATTCATGCGGGTATTCATCCGGTATGCATAGGCCTGAATCGGGATCACCAGTTCGTCCCGATTCAGTACAACGAGCTTCCCGCTGCGAATTTCttg < 1:224380/274‑1 (MQ=255) | ATCACTTCAGGCTGTTTTACCTGAAATTTCAGGCAATAAAACGTCATCGCTGCGTAAATCGGTATGCAGCGATCTCCTCACTCTTTTTAATTCTCCTCATTCGGCATTACCGTCATTACTTGTTTCAGGCATGCCCGAGTGGCAAGTGCATAACCCGAGCGACAAACATCTCCAGAGCTGGTATTGCCGTCAGCTGCGTTCTGCACTGTTATTTCATGAGCCACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGTTGGCGCAGTGCGACGCTGGAGAATGTCAGCTAAGCACAATCTCCAGCTCGCGCAGTTCACGCCAGAAGCGTTCGGCAACGGGATTCATGCGGGTATTCATCCGGTATGCATAGGCCTGAATCGGGATCACCAGTTCGTCCCGATTCAGTACAACGAGCTTCCCGCTGCGAATTTCTTG > NC_000913/4557005‑4557531 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |