Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 137,235 | T→C | 2.8% | T51T (ACT→ACC) | cueO → | multicopper oxidase (laccase) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 137,235 | 0 | T | C | 2.8% | 511.2 / 2.8 | 162 | T51T (ACT→ACC) | cueO | multicopper oxidase (laccase) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/75); new base C (4/2); total (83/79) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.32e-01 |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
CACTGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCAGGCCAGTCCACCTTTGGCGGGAAAACTGCAACTACCTGGGGCTATAACGGCAATCTGCTGGGGCCGGCGGTGAAATTACAGCGCGGCAAAGCGGTAACGGTTGATATCTACAACCAACTGACGGAAGAGACAACGTTGCACTGGCACGGGCTGGAAGTACCGGGTGAAGTCGACGGCGGCCCGCAGGGAAT‑TATTCCGCCAGGTGGCAAGCGCTCGGTGACGTTGAACGTTGATCAACCTGCCGCTACCTGCTGGTTCCATCCGCATCAG > NC_000913/136956‑137514 | cacTGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTTTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTAt < 1:436613/282‑1 (MQ=255) tGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCTATCCCTGATTTGCCCACGACCGATGCCCTTAATCGCATTCCGTTACTTATTg > 2:1151631/1‑281 (MQ=255) tGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTg > 2:436239/1‑281 (MQ=255) tGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACCCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCCCGACCGATTCCCGTCATCGCATTCCGTNANNAAntt > 2:1070811/1‑280 (MQ=255) agcgagGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGACATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGGCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCa < 1:501605/282‑1 (MQ=255) cgagGCGACGACCATTATGGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATGTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGGGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCAgg < 1:135150/282‑1 (MQ=255) gCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCAGGCCAg > 1:248420/1‑282 (MQ=255) ttGTGTTTGCGGCTTTACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCAGGCCAGTCCACCTTTGGCGGGAAAACTGCaa < 1:187898/282‑1 (MQ=255) tgtCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTCGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCAGGCCAGTCCACCTTTGGCGGGAAAACTGCAACt > 1:1417235/1‑281 (MQ=255) tCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTAt < 1:625864/239‑1 (MQ=255) tCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTCCTCACCACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCCGGCCAGTGCCCCCTTGGCGGGAAAACTGCACCTccc > 2:322514/1‑282 (MQ=255) tCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGATTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACTACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTACCTATTGGCGCAGGCCCGTCAAACTTTGGCGGGAAAACTgaatctccc > 2:847414/1‑274 (MQ=255) gCGGCTTTCCCTTCCCGGAAGGGGAAGGATTATGGTCAAGTTGTGATGTTGTTTCGCCTGTTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGGTTTCTTAAAATATTCCGTGGCGCTGGTAGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTTATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCAGGCCAGTCCACCTTTGGCGGGAAAACTGCAACTACCTgt < 2:1228648/282‑2 (MQ=255) 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cccGTAAGTGGAAGGACTATGTTCAACTGTTGGTTATGATTGTCCTGCTTAACAATAAGGTAATAACGATGCAACGTCGTGTTTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCGGGGTGATGCTTCGGCTTTGCCGCTGGGTAGCCGCGCAGTATTTGCCGCAGAACGGCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCGCACGACCGATGCTGGTAATCGAATTCAGTTAACTATTGGCGCAGGCCAGTCCACCTTTGGCGGGAAAACCGCATCTTCCTGGGGCTATAAGGGCa < 2:628088/282‑1 (MQ=255) cccGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCAGCGCAGTATTTGCGGCAGATCGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTTCTCCCGACCGATGCCCGCAATCGCATTCAGCTCACGATTGGCGCAGGCCAGTCCACCTTTGGCGGGAAAACTGACACTACCTGGGGCtatacttgct > 2:1525946/1‑276 (MQ=255) gggAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACGATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCAGGCCAGTCCACCTTTGGCGGGaaaa < 1:1141335/247‑1 (MQ=255) tATGCTCAACGTTTGATTTTGTTGCGCCTGATTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATGTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCAGGCCAGTCCGCCTTTGGCGGGAAAACTGCAACTACCTGGGGCTATAACGGCAATCTGCTGGGGCcggc < 1:847414/281‑1 (MQ=255) aTGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCCTTCAGTTAACCATTGGCGCAGGCCAGTCCACCTTTGGGGGGAAAACTGCAACTACCTGGGGCTATAAGCGACATCTGCTGGGGCcgggg > 2:1122821/1‑279 (MQ=255) aaCGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCAGGCCAGTCCACCTTTGGCGGGAAAACTGCAACTACCTGGGGCTATAACGGCAATCTGCTGGGGCCGGCGGTGAAAt > 2:404603/1‑282 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |