| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,051,413 | G→T | 2.6% | intergenic (‑238/‑48) | cspH ← / → cspG | stress protein, member of the CspA‑family/cold shock protein homolog, cold‑inducible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,051,413 | 0 | G | T | 2.6% | 584.6 / 3.9 | 163 | intergenic (‑238/‑48) | cspH/cspG | stress protein, member of the CspA‑family/cold shock protein homolog, cold‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (90/68); new base T (2/3); total (92/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
ACAATTCCTGTCATTTTACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTCATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGAACACTAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGAAAGGCCCAAAATGAAGGAAGTAAAATATGTCTAATAAAATGACTGGTTTAGTAAAATGGTTTAACGCAGATAAAGGTTTTGGCTTTATCACTCCTGATGATGGCAGCAAAGACGTTTTCGTCCATTTCACCGCCATCCAGAGCAATGAATTCCGCACGCTGAACGAAAATCAGAAAGTTGAATTTTCTATTGAGCAGGGGCAACGTGGCCCCGCGGCAGCGAACGTTGTTACGCTCTAAGGTTGCCATTATTACTCAA > NC_000913/1051150‑1051692 | ttCCTGTCATTTTACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTCATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGAACACTAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGaa > 2:672402/1‑282 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |