| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,154,362 | G→A | 3.3% | V285V (GTC→GTT) ‡ | yqhC ← | transcriptional activator of yqhD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,154,362 | 0 | G | A | 3.3% | 539.4 / 4.2 | 171 | V285V (GTC→GTT) ‡ | yqhC | transcriptional activator of yqhD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/88); new base A (4/2); total (81/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
AAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTATGCAGACGGTAATTCTTCAAATACTGCAACGGCGAGGTACTGGTGACAGACTTAAAATTATGGTGGAACGCCGATACGCTCATGTTGGCTTCTGCCGCCAGTTGCTCGACGCTCAGGTTTTCGGTGTATTTATTCTCAATCCGTTTCAGCACGCGGCTAATCAGACTGAAGTGAGTCTGGCGACTGACCAGCGCCAGTAACGCGCCGCCGCAAGGTCCGGT > NC_000913/3154085‑3154643 | aaGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGCCGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACGGGGAACGAATTTAATTCCCCTGACTCGCCCGCTTTCTGCCCGCATTTTCCCCCGGCGTCCCACCGAAGTAACGTTAAAACCCACGGATAAATTGCTATGCCCTTTAATACCCGACg < 1:1952998‑M2/281‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |