| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1045234 = | 135 (1.150) | 99 (0.840) | 75/292 | 0.6 | 58.2% | intergenic (‑34/‑55) | gfcA/insA | O‑antigen capsule production threonine‑rich inner membrane protein/IS1 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 1973123 | 7 (0.060) | intergenic (‑669/‑111) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein | |||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
GGTGCCAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATC > CP009273/1045087‑1045379 | tgtgCCAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACggg > 2:404906/2‑149 (MQ=255)acaaagaaaggcaacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccactagtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaatgatatgatccccgggagtgattgattaattatctttagg < 2:116760‑M1/2‑1 (MQ=255) gtgCCAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGt > 2:1823089/1‑149 (MQ=255) caaagcaaggcaacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGt > 2:222724‑M1/147‑149 (MQ=255) aagaaaggcaacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGa > 2:167651‑M1/145‑149 (MQ=255) aaaggcaacaatcaacttaatgttaatgaaacgttgtacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGt < 1:399504‑M1/3‑1 (MQ=255) aaggcaacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGAtgct < 2:1952241‑M1/9‑1 (MQ=255) agtaCCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTCGTGTTTCATAACTTTTCCATTATTCATCGGATGGACAATACGGGTGAtgctgc < 2:1092269/149‑1 (MQ=255) gtaCCCGTGGTGGCCTCGGTCCCGGTTGTTGCGTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAtg < 1:440998/144‑1 (MQ=255) aacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcagaggtagtgattgagtaattatctttaGGTGATGCTGCCaa < 2:862978‑M1/14‑1 (MQ=255) aacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggattgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCaa > 2:479251‑M1/136‑149 (MQ=255) aacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCaa < 2:131036‑M1/14‑1 (MQ=255) ccGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACt > 2:1734220/1‑149 (MQ=255) gtcgtTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTCTTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAAcgtc > 2:168272/1‑146 (MQ=255) tcgtTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCaa < 1:69802/144‑1 (MQ=255) caacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACt < 2:1700851‑M1/20‑1 (MQ=255) cgcGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATGGCAGAAAGCTTGTGTGGCATAACTCTCCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGCTGCTGCCAACTTAcag > 1:465674/3‑142 (MQ=255) cTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCACCTTACTGATTTa > 2:37696/1‑149 (MQ=255) tCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAg < 2:810468/149‑1 (MQ=255) gttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGAtt > 1:1604051‑M1/121‑144 (MQ=255) tCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAGGCTGCCAACTTACTGAGTTAGGGTa > 2:1767216/1‑149 (MQ=255) ccGGTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAACCGCAGCTGGCGTCGGCAACACGAACGCCATACGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCACAACTTTTCATTTATTCATCGCATGGACAATACAGGTGACGCTGCAAACTTACTGATTTAgt < 1:498492/144‑1 (MQ=255) atgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt > 1:81441‑M1/117‑144 (MQ=255) gTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgat > 2:1333926/1‑149 (MQ=255) tttGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTaggatg > 2:1555270/1‑149 (MQ=255) tttGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTa > 1:1702725/1‑144 (MQ=255) tttGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTGCATAACGTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTa > 1:1099707/1‑144 (MQ=255) gctgCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGACAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatga < 1:1718042/142‑1 (MQ=255) ttgCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAGGCTGCCAACTTACTGATTTAGGGTATGATGgtgt > 2:291430/1‑149 (MQ=255) ttgCTTCAGGGGCAGCAAACGCAACTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGAGTGCAGAAAGCGTGTGGTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGGGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGgtgt > 2:1070764/1‑149 (MQ=39) cTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGTATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAGTACCGGTGATGCCGCCCACTCACTGATTTAGGGTATGATGGTGtttt > 2:759849/1‑149 (MQ=255) ttCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCGACTTACTGATTTAGAGTATGATGGTGttttt > 2:979673/1‑149 (MQ=255) tacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTCGTGTATGATGGTGttttt > 2:1455969‑M1/106‑149 (MQ=255) 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tCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaaaa < 2:583671/149‑1 (MQ=255) ccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACgg < 1:929801‑M1/117‑1 (MQ=255) tttATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGGGTAACGGCaa > 1:1713553/1‑144 (MQ=255) tATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCAGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaaaa < 1:1446974/144‑1 (MQ=255) ttCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGAATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGc > 1:1189138/1‑144 (MQ=255) cATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCg < 2:401276/149‑1 (MQ=255) aTCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTTCGTTACGGGAAAAGCACGGCCgg > 2:533970/1‑149 (MQ=255) tgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTg < 1:524680‑M1/128‑1 (MQ=255) gattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGCAGGGGAGGTACGGGACGgcaaaagggctgc < 1:1430181‑M1/129‑7 (MQ=255) attaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGGTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGcc > 1:1817978‑M1/15‑144 (MQ=255) tGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGa < 1:1376071/144‑1 (MQ=255) ggACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGAc > 1:1833459/1‑144 (MQ=40) ggACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAg < 2:1447487/149‑1 (MQ=40) ttatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGCCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACa > 1:907042‑M1/10‑144 (MQ=255) gACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAgc > 2:785742/1‑149 (MQ=39) aCAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGGTTGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAgcg < 2:282227/149‑1 (MQ=255) aaTACGGGTGATGCTGCCAACCTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCa < 1:1205389/144‑1 (MQ=255) ctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAg < 1:633129‑M1/139‑1 (MQ=255) aTACGGGCGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTa < 2:66888/149‑1 (MQ=25) tttaGGTGCTGCTGCCAACTTACTCATTTAGTGCATTATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAgc > 1:300527‑M1/5‑144 (MQ=255) aCGGGTGATGCTGCCCACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCCGCCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCAGACATCAgcg < 1:760062/144‑1 (MQ=255) ggTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCACCGCTa > 1:1519793/1‑144 (MQ=17) | GGTGCCAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATC > CP009273/1045087‑1045379 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |