| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,084,016 | Δ2 bp | coding (344‑345/900 nt) | hisG → | ATP phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,084,016 | 0 | C | . | 98.1% | 230.6 / ‑3.5 | 53 | coding (344/900 nt) | hisG | ATP phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base . (28/24); total (28/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| * | CP009273 | 2,084,017 | 0 | C | . | 98.1% | 230.9 / ‑3.1 | 53 | coding (345/900 nt) | hisG | ATP phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base . (28/24); total (28/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
CCTTGGGATTATCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGC > CP009273/2083876‑2084154 || ccTTGGGATTATCGGCGAAAATGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCTGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGt < 1:858200/149‑1 (MQ=255) gggATTATCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGc > 2:48795/1‑149 (MQ=255) ttATCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCtctc < 1:141619/149‑1 (MQ=255) tgagcGGCGAAAGCGTGCGGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTCGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCtctc < 1:822874/145‑1 (MQ=255) aTCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCt < 2:816707/149‑1 (MQ=255) tCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGccccactt > 2:754345/1‑142 (MQ=255) cGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTa < 2:82813/149‑1 (MQ=255) cGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTa < 1:235250/149‑1 (MQ=255) ggCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTaa > 1:1034428/1‑149 (MQ=255) cGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCCCCCCTTAAAc > 2:1049933/1‑149 (MQ=255) gAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACg > 1:772851/1‑149 (MQ=255) aaaCGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGCAG‑‑TGGGACGGCTCGCTCTCCTTAAACGGt > 2:419592/1‑149 (MQ=255) aCGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTaa < 2:998701/149‑1 (MQ=255) cTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTa > 1:86637/1‑149 (MQ=255) 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ctgctTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACATATCGCCACCTCtt > 1:773946/1‑149 (MQ=255) gctTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGCTGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGGAAACGTACCGCCACCCCTTAt > 2:74425/1‑149 (MQ=255) cttatgcgccgcGCCCAGGGGGAAGCTCCACGCTACTTGACCCTGCGTCGTCTGGATCTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGGATCGCCACCTCTTATc < 2:288148/143‑1 (MQ=255) ctTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATc < 1:616403/149‑1 (MQ=255) ttAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATcc > 2:294151/1‑149 (MQ=255) 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gATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCg > 2:634696/1‑149 (MQ=255) aTCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTACACGTATCGCCCCCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCgg > 1:642870/1‑148 (MQ=255) ccACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGTcc > 1:355767/1‑149 (MQ=255) cACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCCCCTGCTCAAGCGGTATCTCGACCa > 2:364188/1‑149 (MQ=255) tACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAg < 2:436008/149‑1 (MQ=255) ccTGCGTCGTCTGGATTGCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATctct < 2:700013/149‑1 (MQ=255) cgCGTCGTCTGGACTTCGCCTGCTGTCGCCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCttt < 2:34776/148‑1 (MQ=255) tcgtcTGGATTTCGGCGGATGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTaaa < 1:9760/149‑1 (MQ=255) cTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TAGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCCCATCTTCTCAACACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGCAAGGCATCTCTTTTCAAACCt > 1:1083122/1‑149 (MQ=255) aTTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCtt > 2:1131662/1‑149 (MQ=255) tGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGtt > 2:661029/1‑149 (MQ=255) tGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TCGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTACCGCCACCTCTTATCCTCACCTACTCAAGCGTTATCACAACCCGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGtt > 2:439783/1‑149 (MQ=255) tgtccTGGCAACGCCGGGTGAGGAAG‑‑TGGGACGCTCCGCTCTCCTTAACCGGTAACCGTATCGCCACCTCTTACCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGaa < 2:27400/145‑1 (MQ=255) tCGCTGGCCACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGCACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAg < 1:322603/149‑1 (MQ=255) cTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCg > 2:590783/1‑149 (MQ=255) cTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGGCCTGTTGAAGTCg > 2:80708/1‑149 (MQ=255) gCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGccc > 1:183829/1‑149 (MQ=255) aaCGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGACCGGTTCTGTTGAAGTCGCCCcg > 1:861407/1‑149 (MQ=255) cGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGc > 1:477268/1‑149 (MQ=255) || CCTTGGGATTATCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGC > CP009273/2083876‑2084154 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |