| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,207,564 | A→T | 13.8% | intergenic (‑105/+595) | iraM ← / ← ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,207,564 | 0 | A | T | 13.8% | 65.2 / 4.9 | 29 | intergenic (‑105/+595) | iraM/ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/12); new base T (2/2); total (15/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
TAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACA > CP009273/1207423‑1207691 | tAGGTTGAATTTCCGTGTCAATTACTATCCACTTCGTTTGTCATACCTGTCCGCCCTTAAGTTGGGTTGGTTCCTTCGGAGCTTTATTTCTCAATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCTCAAAACAATAAATTAATTaaaa < 1:299162/145‑1 (MQ=255)tAGCTTAAATTTCCTTGTCAATTACTATCCAATTCATTTTTTATTTCTTATCCCACGTTATTTAATATGGGTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTaaaa < 1:57824/145‑1 (MQ=255) tCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATataaaa > 1:230616/1‑145 (MQ=255) aaTTACTATCGACTTCATTTGTTATGTCTTATCCAAAGGTATTTCCTATGGTTCATTAGGTTGTTTATTTCTTGCGTTTGAATATCAGAATATTACCCCCCCCTCACAAAAATAAATTAATTAAAATTATGGCTTATataaaata > 1:158367/1‑145 (MQ=255) 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aaaaaaaTAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGTTTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTtataaa > 1:315631/1‑143 (MQ=255) aaaaaaaTAAATTAATTAAAATGATGGATTAAATAAAATAAAAATTAAAGGGTGAAATCTCAATAAAAGTAAAACAAGATGAGAATTTGTGAAGTCAATTAATTATTGACTTAGTTTTAGATTTGTTTAGCTTTAATGTTATACa > 1:84747/1‑145 (MQ=255) | TAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACA > CP009273/1207423‑1207691 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |