| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1045234 = | 24 (1.210) | 15 (0.760) | 14/270 | NT | 50.0% | intergenic (‑34/‑55) | gfcA/insA | O‑antigen capsule production threonine‑rich inner membrane protein/IS1 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 1973123 | 6 (0.300) | intergenic (‑669/‑111) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein | |||||
AGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCT > CP009273/1045096‑1045380 | agtaCCCGTCGGTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGGCAACATGAAGTCGATAAGGATTGCAGAAAGCGTGTGTTTCATACCTTTTCCTTTATTCATCGCATGTACAATACGGGGGa > 2:84609/1‑143 (MQ=255) taCCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAACCGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAGCTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCa > 1:45188/1‑149 (MQ=255) gtTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAAc < 2:309651/143‑1 (MQ=255) ccTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTAc < 2:227904/143‑1 (MQ=255) 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ccATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCGAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCcctcc > 1:247022/1‑149 (MQ=255) ccATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTAATTCACCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGAGCATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGt > 2:216662/1‑143 (MQ=255) ccATAAGGAGTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTGTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGt < 2:182282/143‑1 (MQ=255) tttGCAGGAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTg < 2:252146/142‑1 (MQ=255) aacgCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGAc < 1:11984/146‑1 (MQ=255) 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tttATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCa > 2:269913/1‑143 (MQ=255) aTTCATCGCATGGACAATATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTg < 1:189342/149‑1 (MQ=255) ggattgattaagtatctttaTGTGGTGCCCTCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTCTCGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTGCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAg > 2:10575‑M1/21‑143 (MQ=255) tCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGcc < 1:20756/149‑1 (MQ=255) ttgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAc < 2:59780‑M1/126‑1 (MQ=255) cGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCCAAAGCACTGCCGGAc > 1:299964/1‑149 (MQ=255) gCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAACGCACTGCCGGCCa > 1:240483/1‑149 (MQ=255) gCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACa > 1:267809/1‑149 (MQ=255) gCATGAACAATACGGGTGATACTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGGTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGGTCGTAACGGCAAAAGCACTGc > 2:57021/1‑143 (MQ=14) attatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAg > 1:20554‑M1/11‑149 (MQ=255) tatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACa > 2:185537‑M1/9‑143 (MQ=255) taGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTAtct > 1:95790‑M1/3‑149 (MQ=255) caGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTAtct > 1:291672‑M1/3‑149 (MQ=255) cGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTAtct < 1:277349/149‑1 (MQ=33) | AGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCT > CP009273/1045096‑1045380 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |