| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1973060 = | 2 (0.030) | 58 (0.850) | 46/294 | 0.5 | 96.7% | intergenic (‑606/‑174) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein |
| ? | CP009273 | = 3577555 | NA (NA) | intergenic (+15/‑1) | insB1/yrhA | IS1 transposase B/pseudogene, interrupted by IS1E | |||||
ACATTAAAGCTTTACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1973202‑1973060‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGC < CP009273/3577555‑3577417 ACATTAAAGCTTTACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAACCAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCGGGGGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAAT > 2:793565/1‑149ACATTAAAGCTTTACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAAT < 2:965763/149‑1 ATTAAAGCTTTACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAACTAGGGTAA > 1:132647/1‑146 ATTAAAGCTTTACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAA < 1:497723/146‑1 AAAGGTTTACCCCTAATGGAAAAACGACGCAAACCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGA < 1:241518/146‑1 AGCTTTACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACT > 1:135297/1‑146 CTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATT < 2:581347/149‑1 TAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATA > 2:508232/1‑149 TAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATA > 2:898329/1‑149 AAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTT < 1:544099/146‑1 AACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAT < 2:104282/149‑1 AACGACGCAATCCAAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAGGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATGAGAAAGTAGGGTAATGACTCCAACTTACTGATAGTGTTTTAT > 2:809980/1‑149 ACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATCGTGTTTT > 1:871529/1‑146 GACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTct > 1:108513/1‑144 CGCAATCCCACCTCGGTCAACCAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCA < 2:379753/149‑1 CGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAACTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATAGATAGTGTTTTATGTCCA > 2:812150/1‑149 GCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTCGTAACGATAATTAATCAATCACTACCGGTGATCATATAATTTCAACTGTAGTTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTGTGTT > 1:311425/1‑146 CAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAA > 1:897563/1‑146 cCTCGGTCAAATAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATG < 1:49288/145‑1 ACTCGGTCAAACAGGTAAATGTTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAgaccc > 2:931967/1‑144 ccctgtaaaaacgaTAAATATTAGTCTCATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGCGTACTGACCCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCG < 2:115997/135‑1 TCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAC < 2:340667/149‑1 TCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAT < 1:297656/146‑1 AAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATCATGCCCGATGACTT > 2:166449/1‑149 AACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTCATCATATAACTACAACAGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGCATCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAC > 1:681446/1‑146 ACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTG > 2:718433/1‑149 ACAGGTAAATATTAGTCTGATTATGAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGCTAGTGTTTTATGTTCAGATCATGCCCGCTGACTTTG > 2:578804/1‑149 ATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAG < 2:886993/149‑1 aATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAAGTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGGGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGC < 1:359426/145‑1 cTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAC < 2:226930/148‑1 GTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC < 1:538034/146‑1 ATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATT > 1:271268/1‑146 TTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTT > 1:919427/1‑146 TAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTT < 1:146062/146‑1 GTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTTATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGACATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAA > 2:698562/1‑149 AAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGA > 2:329437/1‑149 TAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTACAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAGGACTGGGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACT > 2:600834/1‑149 AATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGA > 1:925702/1‑146 AATCAATCACTCCCAGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTT < 2:21180/149‑1 AATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTC < 1:721173/146‑1 TCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCC < 2:119662/149‑1 ACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTCATTATAAGAAAATAGGGTACTGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTC < 1:572199/146‑1 ACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTC < 1:244663/146‑1 GTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCG > 1:362199/1‑146 ATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGCCAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTca > 1:451841/1‑144 TATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGTAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGC < 2:609686/149‑1 TATAATTTCAAATGGAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGC < 2:862241/149‑1 TAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTG < 2:146238/149‑1 ATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATGGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGCACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCT < 1:64201/146‑1 ATTTCAAATGTAATTAAAAGAAAATAGGGCAATGCCTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAAATAATGCCCGAGGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCT < 1:1040858/146‑1 TCAAATGTAATTAAAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCC < 1:821148/146‑1 TAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCCGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGCCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAG < 2:466035/149‑1 TTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAG < 1:593526/146‑1 AAGAAAATAGGGTAATTACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTA < 1:151484/146‑1 AAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGC > 2:857600/1‑149 AAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGC > 2:877813/1‑149 AAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTA < 1:493294/146‑1 tAAATAGGGTAATGTCTCCAACTGATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTGTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCACCCGTGCCAGGTGCTGTCTCAGATTCAGGTTATGC > 1:1052309/2‑146 ACATTAAAGCTTTACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1973202‑1973060‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGC < CP009273/3577555‑3577417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |