| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,987,946 | G→A | pseudogene (506/633 nt) | ygeK ← | pseudogene; putative 2‑component transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,987,946 | 0 | G | A | 98.3% | 187.0 / NA | 59 | pseudogene (506/633 nt) | ygeK | pseudogene; putative 2‑component transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (26/32); minor base T (1/0); total (27/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTAACCATTACTAAT > CP009273/2987800‑2988091 | aGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTCTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACg > 1:153224/1‑149 (MQ=255) cTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGAtt > 2:30242/1‑149 (MQ=255) tAAAGCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGGTTATGTTGATAGGACTGTAAACGTCTACTTTCTTCATGTTTTTGAGCCTTTGTTTTTTTTTTTTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTATCGtttt > 2:931047/1‑149 (MQ=255) aaaGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTc > 1:647223/1‑149 (MQ=255) aaGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCt < 2:243142/149‑1 (MQ=255) gCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACCCCCATACGTACAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTACTTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTGTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCttt < 2:574812/149‑1 (MQ=255) gCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAATGATTTCttt < 2:802011/149‑1 (MQ=255) ccTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACCCCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCtttg < 1:473233/149‑1 (MQ=255) ttttttttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCtttgtttg > 2:223998/1‑149 (MQ=255) 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accatcgtcaaCATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGAt < 1:886236/140‑1 (MQ=255) tgAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCaga > 2:875380/1‑149 (MQ=255) gAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCagag < 2:840804/149‑1 (MQ=255) tCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAGTTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATa > 1:643429/1‑149 (MQ=255) aTTTCTTGATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTg > 2:651953/1‑149 (MQ=255) 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aGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAACTTAACGGTTTTTTTGGTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCatat < 1:178576/149‑1 (MQ=255) aGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATCGTAAGATGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCatat < 2:877371/149‑1 (MQ=255) cGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTaca < 1:402156/149‑1 (MQ=255) cGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTAGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTAGTAAGTAGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTaca > 2:631810/1‑149 (MQ=255) gACTTTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAACGATTTCTTTGGTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTacac < 2:63707/149‑1 (MQ=255) 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cAAGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTAACCAt > 2:702405/1‑149 (MQ=255) aaGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTAACCAtt > 1:412600/1‑149 (MQ=255) aGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTAACCATTa < 1:483055/149‑1 (MQ=255) aGAAATTAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTAACCATTa < 1:954313/149‑1 (MQ=255) ttAACGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTAACCATTACTAAt > 1:598183/1‑149 (MQ=255) | AGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTGTAACCATTACTAAT > CP009273/2987800‑2988091 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |