| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | CP009273 | 3576788 = | NA (NA) | intergenic (+10/‑55) | yrhA/insA | pseudogene, interrupted by IS1E/IS1 repressor TnpA | |||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
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taGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGT‑CCCTCCTGTTCAGCTAATGACGGGGTGGTGCGTCACgga > 1:491434/1‑148 (MQ=255) cATTTGAATATTTATTTATGGCATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGT‑CCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaaa < 2:587989/149‑1 (MQ=255) cATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGT‑CCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaaa < 1:1878886/149‑1 (MQ=255) tttCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGT‑CCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAg > 2:1848683/1‑149 (MQ=255) ttCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGTTTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGT‑CCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGc > 1:1568078/1‑149 (MQ=255) tactcctgccATTAAAGTGAATGCTGCGTGCCTTCTTATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGT‑CCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGa < 1:1910015/140‑1 (MQ=11) tACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGT‑CCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGa < 2:1234087/149‑1 (MQ=255) ttATGACATTTAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGCATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTTTCATCGGT‑TCCCCCTGTTCTGCGACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACAt < 1:1630728/149‑1 (MQ=11) gACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTCGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTCTCTAGCAGCTGT‑CCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAgc < 2:1676280/149‑1 (MQ=255) gACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGGGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCGGTTTCTATCAGCTGTCCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCac > 2:1639338/1‑148 (MQ=255) aTTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGT‑CCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCt > 1:1677500/1‑149 (MQ=33) aTTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGT‑CCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCACt > 2:199371/1‑149 (MQ=18) | TAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGTTAGTGATCGGGGATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGT‑CCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTAT > CP009273/3576640‑3576932 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |