| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2507756 = | NA (NA) | 108 (1.040) | 82/288 | 0.1 | 99.1% | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL1 | nucleoside (except guanosine) transporter/IS186 transposase |
| ? | CP009273 | = 4533433 | 1 (0.010) | coding (502/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
CGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATTAGCGTCGTT > CP009273/4533285‑4533579 | cgcAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCC < 2:879189‑M2/149‑1 (MQ=255) gcAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCa < 2:633439‑M2/149‑2 (MQ=255) caacaaACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCGGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCat < 2:1309041‑M2/149‑3 (MQ=255) aaCGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataa < 1:779203‑M2/146‑5 (MQ=255) aggtggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGtgct > 2:1365458‑M2/130‑149 (MQ=255) cGTTGGTGGGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCACTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagc > 1:1252947‑M2/1‑140 (MQ=255) gtggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgcggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGtgctgc > 2:626054‑M2/128‑149 (MQ=255) gtggccattcgtgggacaggatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGtgctgc < 2:1148443‑M2/22‑1 (MQ=255) tGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaac > 2:725895‑M2/1‑137 (MQ=255) gtgCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctcagc < 1:978223‑M2/146‑14 (MQ=255) ttcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCg < 2:1097733‑M2/29‑1 (MQ=255) ttcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGGGCTGCTAATGCg > 2:385447‑M2/121‑149 (MQ=255) tgCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCCGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaag > 2:124918‑M2/1‑132 (MQ=255) tcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCgg < 2:1542909‑M2/30‑1 (MQ=255) gCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaactta < 1:148260‑M2/146‑16 (MQ=255) aTCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACACCACGGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataggcgctaacttaggggttg < 2:155346‑M2/149‑23 (MQ=255) aTCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCCTTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCCACCCataagcgctaacttaaggg < 1:343368‑M2/146‑20 (MQ=255) ggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTCATGCGGATGCg > 2:166414‑M2/115‑149 (MQ=255) 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ctacccctgccagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAc < 1:250490‑M2/37‑1 (MQ=255) tatccctgaccgcctacaaaacgcaagtgaagaacgcgaggcatcgccgtaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAcc < 1:986411‑M2/38‑1 (MQ=255) ccttgacagcctacaagacgtaattgaagaacgcgtggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAg < 2:84622‑M2/44‑1 (MQ=255) aaCGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaagggctgtggtatta < 1:1423007‑M2/146‑31 (MQ=255) ctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCaa > 1:1339862‑M2/104‑146 (MQ=255) 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cacaagactcaattggagcacgcgaggcgtcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCATCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCa < 2:322074‑M2/55‑1 (MQ=255) cTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattta > 2:1604598‑M2/1‑103 (MQ=255) aaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGCCGGCCCACCCGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATaa > 2:1736743‑M2/91‑149 (MQ=255) cgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt > 2:464065‑M2/88‑149 (MQ=255) gcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAc < 1:65244‑M2/60‑1 (MQ=255) 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gCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcgg > 1:185935‑M2/1‑19 (MQ=255) cacccggctgcgcaacccataatcgctcacttaagcgttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggc > 1:1220795‑M2/11‑18 (MQ=255) ccGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggcacgtaa < 2:1636588‑M2/149‑135 (MQ=255) gCAACCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggcacgtaatgccgggg > 2:1610628‑M2/1‑7 (MQ=255) aaccccattagcgcgtacttaaggtgtgcggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgagcaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatactgcggcacgtaatgccgg > 1:1345524‑M2/4‑6 (MQ=255) aaCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggcacgtaatgccggggct > 2:1418969‑M2/1‑5 (MQ=255) aCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggcacgtaatgccggggctc > 2:161641‑M2/1‑4 (MQ=255) aCCCCGGTTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATTAGcgtcgt < 2:1577252/149‑1 (MQ=255) cccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggcacgtaatgccggggctct < 2:695836‑M2/149‑147 (MQ=255) ccataagcgttaccttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggcacgtaatgccggggct > 1:1556922‑M2/1‑2 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggcacggaatgccggggctc < 1:956386‑M2/146‑146 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgataggatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggcacgtaatgccggggctc > 1:1443673‑M2/1‑1 (MQ=255) | CGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATTAGCGTCGTT > CP009273/4533285‑4533579 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |