| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2509092 | NA (NA) | 89 (0.860) | 72/288 | 0.4 | 92.8% | intergenic (+170/+30) | insL1/yfeA | IS186 transposase/putative diguanylate cyclase |
| ? | CP009273 | 4533422 = | 7 (0.070) | coding (491/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
GTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATggg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2508948‑2509092‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATTA > CP009273/4533422‑4533571 GTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACCGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:743139/146‑1GTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCGATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:694176/146‑1 TCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:96755/146‑1 atgTGGGGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGC < 1:979155/143‑1 ATCTGGTGCTTACCGGTGGCCATTGGTGGGACAGTCTCCCTGACAGCCCACAAAACGCAATTGACGCACGCGAGGCATCGCCTTAACGAGGCACCGTGGCGGCGCTTTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGC < 1:943906/146‑1 ATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCCCTTATGGGg > 1:44436/1‑145 TCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCC > 1:348217/1‑146 CTGGAGCTTACCGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGCGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCG < 1:1218312/146‑1 CTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGCGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCG < 1:556225/146‑1 CTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCta > 1:963933/1‑144 TACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCG > 1:1604538/1‑146 AGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCT > 2:1365458/1‑149 GTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGCGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGC > 2:626054/1‑149 GTGGCCATTCGTGGGACAGGATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGC < 2:1148443/149‑1 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GTATCCCTGACAGCCGATAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC < 1:32025/146‑1 TATCCCTGACCGCCTACAAAACGCAAGTGAAGAACGCGAGGCATCGCCGTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACC < 1:986411/146‑1 TCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTT < 1:186731/146‑1 cctTGACAGCCTACAAGACGTAATTGAAGAACGCGTGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAG < 2:84622/146‑1 CCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAG > 2:1546618/1‑149 CCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACCCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAG < 2:625987/149‑1 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ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGCCCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAA > 2:1062725/1‑149 TGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCGAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCCATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAAC < 2:776110/149‑1 GGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGACCACCCTTGTGCGATGAAAAGAACG > 2:581794/1‑149 GTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGA < 2:74597/149‑1 TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAA < 2:258679/149‑1 TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAA < 2:1772360/149‑1 TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGCTGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGA > 2:973012/1‑149 TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAG > 1:56828/1‑146 TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAG > 1:289400/1‑146 CGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGGTGCCCACCCTTGTGCGATCAAAATAACGCTGAAAAGGAAGAGATTAT > 2:1602812/1‑149 TTATGGGCCGCAGCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGCTGTGACCATCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTGCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTC < 2:1657219/149‑1 TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTCATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTAT < 1:1394055/146‑1 TGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTAT < 2:296819/149‑1 GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTGTCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATT > 2:75902/1‑149 GGCCGCACCCCCGGGTGCTCCCAATGCGGTTGCGACCTTCAAGGTTCAGTCTCAATATCCTACCCAGGTTCAGGGACGCCATTTCGGGCAGGGATGCCAACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATTA < 2:574361/149‑1 GTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATggg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2508948‑2509092‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATTA > CP009273/4533422‑4533571 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |