| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,241,196 | Δ1 bp | 6.1% | coding (65/663 nt) | yqjA → | general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,241,195 | 0 | C | . | 6.1% | 195.9 / 9.7 | 66 | coding (64/663 nt) | yqjA | general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/32); new base . (2/2); total (31/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.27e-01 | |||||||||||
AGAACATACCAAAACAGCAATAACATTGCGGTAGTGCATCTTTTAAAACCAGCGTGGCGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTTTGACCCAATTGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGCGTGTTGATTGCGAAAGGCGCGATGGGCTATCCGCAAA > CP009273/3241048‑3241342 | aGAACATACCAAAACAGCAATAACATTGCGGTAGTGCATCTTTTAAAACCAGCGTGGCGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTTTGACCCAATTGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAATcc < 1:1270476/149‑1 (MQ=255) aaCATACCAAAACAGCAATAACATTGCGGTAGTGCATCTTTTAAAACCAGCGTGGCGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTTTGACCCAATTGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAATCCAt < 1:801476/149‑1 (MQ=255) tACCAAAACAGCAATAACATTGCGGTAGTGCATCTTTTAAAACCAGCGTGGCGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTTTGACCCAATTGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATCgat < 1:28226/149‑1 (MQ=255) cAAAACAGCAATAACATTGCGGTAGTGCATCTTTTAAAACCATCGTGGCGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTTTGACCCAATTGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATc < 2:312593/143‑1 (MQ=255) aaaaCAGCAATAACATTGCGGTAGTGCATCTTTTAAAACCAGCGTGGCGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTTTGACCCAATTGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATCGAT‑GAtt < 1:219643/149‑1 (MQ=255) gCAATAACATTGCGGTAGTGCATCTTTTAAAACCAGCGTGGCGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTTTGACCCAATTGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAAT‑CATCGATGGATTGGccag < 1:1104103/149‑4 (MQ=255) cAATAACATTGCGGTAGTGCATCTTTTAAAACCAGCGTGGCGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTTTGACCCAATTGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGCGTTTGAAACCCTCGCCAAGCCATCGAT‑GATTg > 2:126128/1‑143 (MQ=255) aTAACATTGCGGTAGTGCATCTTTTAAAACCAGCGTGGCGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTTTGACCCAATTGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATCGAT‑GATTGGCAtgttg > 1:415980/1‑149 (MQ=255) tAACATTGCGGTAGTGCATCTTTTAAAACCAGCGTGGCGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTTTGACCCAATTGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAACCCATCGCT‑GGCTGGCa > 2:266549/1‑143 (MQ=255) 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gctgcAAGCCCTGTGGGCGCATGATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATCGAT‑GATTGGCATTTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCATTGTATTCTGCGGGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTgg < 1:255771/149‑1 (MQ=255) ctgcACGTCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAGCCCTGCCCAAGCCATCGAC‑TATTGGCAGGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGt < 1:93830/149‑1 (MQ=255) ctgcAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGTCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGt < 1:842151/149‑1 (MQ=255) cAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGCCGACAGTTTACTGGTCtt > 2:569114/1‑143 (MQ=255) aaGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTg < 2:998518/143‑1 (MQ=255) aGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGCg < 1:1206355/149‑1 (MQ=255) cgcTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTc > 2:300588/3‑143 (MQ=255) cccTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGCCAGTTTACTGGTATTGGTCGGCgtg > 1:277137/1‑149 (MQ=255) ggCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGCGTGTTGATTg < 1:999317/149‑1 (MQ=255) agccgcaTTTTGAAACCCTGGTCAATCCATCGGT‑GATTGGCATGTTGTTTTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGGTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGCGTGTTg < 2:1085899/137‑1 (MQ=255) gcAGGATTTTGAAACCCTGGCCAATGCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGCGTGTTGATTGCGa < 1:1073559/149‑1 (MQ=255) aGGATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATTGAT‑GAGTGGACTGTTGTATTTTGTTTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCCGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGCGTGTTGATTGCGaaa < 1:428134/149‑1 (MQ=255) gATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGCGTGTTGATTGCGAAAgg > 1:1024270/1‑149 (MQ=255) gATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGCGTGTTGATTGCGAAAgg > 1:107930/1‑149 (MQ=255) ttttGAACCCCTGGCCAATCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGCGTGTTGATTGCGa < 2:638651/143‑1 (MQ=255) 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aaTCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACCGTTTATTGGTTTGGGTCGGCGTGTTGATTGCTGAAGGCGCGATGGGCTATCCGCa > 1:298229/1‑149 (MQ=255) aaTCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGCGTGTTGATTGCGAAAGGCGCGATGGGCTATCCGCa > 1:258387/1‑149 (MQ=255) tCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGCGTGTTGATTGCGAAAGGCGCGATGGGCTATCCGCaaa < 1:550914/149‑1 (MQ=255) ccATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGCGTGTTGATTGCGAAAGGCGCGATGGGCTATcc > 2:293229/1‑143 (MQ=255) | AGAACATACCAAAACAGCAATAACATTGCGGTAGTGCATCTTTTAAAACCAGCGTGGCGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTTTGACCCAATTGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTGGCCAATCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGCGTGTTGATTGCGAAAGGCGCGATGGGCTATCCGCAAA > CP009273/3241048‑3241342 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |