| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,466,138 | G→A | 7.0% | pseudogene (747/2513 nt) | ydbA → | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,466,138 | 0 | G | A | 7.0% | 222.8 / 2.9 | 69 | pseudogene (747/2513 nt) | ydbA | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/30); new base A (2/3); total (36/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
AACTATTCGCGATTCAGTTTTTACTTATACCGAGAATGCTGACGGGACTATATCTCTGCAAGATAGCAATGGTCGTAAGGCAACGATTAATCTTTGGCAGATTGATGAAGCGAATAACACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGGAAAGTGATTCAGGACGGCGATCTGGATGTCAGCGGCGGCGGTCACGGTATTGATATCACCGGTGACAGCGCGACGGTGGATAACAAGGGCACCATGACCGTCACCGATCCGGAGTCCATGGGTATCCAGATCGACGGTGACAAGGCCATCGTCAATAACGAAGGCGAGAGCACCATCACCAACGGTGGCACCGGCACCCAGATTAATGGTGATGACGCCACGGCAAACAACAACGGCAAAACCACCGTTGACGGCAAGGATTCCACCGGTA > NC_000913/1465856‑1466409 | aaCTATTCGCGATTCAGTTTTTACTTATACCGAGAATGCTGACGGGACTATATCTCTGCAAGATAGCAATGGTCGTAAGGCAACGATTAATCTTTGGCAGATTGATGAAGCGAATAACACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGGAAAg < 2:331765/287‑1 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ttttACTTATACCGAGAATGCTGACGGGACTATATCTCTGCAAGATAGCAATGGTCGTAAGGCAACGATTAATCTTTGGCAGATTGATGAAGCGAATAACACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGGAAAGTGATTCAGGACGGCGAt < 1:860615/286‑1 (MQ=255) taCCGAGAATGCTGACGGGACTATATCTCTGCAAGATAGCAATGGTCGTAAGGCAACGATTAATCTTTGGCAGATTGATGAAGCGAATAACACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACAGGAAAGTGATGCAGGACGGCgcacaggttgccacc > 2:640462/1‑275 (MQ=255) taCCGAGAATGCTGACGGGACTATATCTCTGCAAGATAGCAATGGTCGTAAGGCAACGATTAATCTTTGGCAGATTGATGAAGCGAATAACACTGTTGCCCGTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGGAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGGAAAATGATTCAGGACGGGGATCTGGATGTCAgc > 1:140767/1‑289 (MQ=255) 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2:136062/1‑250 (MQ=255) aaccGGTAACGGTAAAGATTCCACCGGTAAGGAAAGCAACGGTAATAACGGGAAAGTGATTCAGGACGGCGATCTGGATGTCAGCGGCGGCGGTCACGGTATGGATATCACCGGTGACAGCGCGACGGTGGATAACAAGGGCACCATGACCGTCACCGATCCGGAGTCCATGGGTATCCAGATCGACGGTGACAAGGCCATCGTCAATAACGAAGGCGAGAGCACCATCACCAACGGTGGCACCGGCACCCAGATTAATGGTGATGACGCCACGGCAAACAACAACGGc < 2:211331/288‑1 (MQ=255) ggcaaggATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGAAAAGTTATTCAGGACGGCGATCTGGATGTCAGCGGCGGCGGTCACGGTATTGATATCACCGGCGACAGCGCAACGGTGGATAACAAGGGCACCATGACCGTCACCGATCCGGAGTCCATCGGTCTCCAGATCGACGGTGACAAGGCCATCGTCAATAACGAAGGCGAGAGCACCATCACCAACGGTGGCACCGGCACCCAGATTAATGGTGATGACGCCACGGCAAACAACAACGGCaa < 1:249319/275‑1 (MQ=255) ggcaaggATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGAAAAGTTATTCAGGACGGCGATCTGGATGTCAGCGGCGGCGGTCACGGTATTGATATCACCGGCGACAGCGCAACGGTGGATAACAAGGGCACCATGACCGTCACCGATCCGGAGTCCATCGGTCTCCAGATCGACGGTGACAAGGCCATCGTCAATAACGAAGGCGAGAGCACCATCACCAACGGTGGCACCGGCACCCAGATTAATGGTGATGACGCCACGGCAAACAACAACGGCaa > 2:249319/7‑281 (MQ=255) 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AACTATTCGCGATTCAGTTTTTACTTATACCGAGAATGCTGACGGGACTATATCTCTGCAAGATAGCAATGGTCGTAAGGCAACGATTAATCTTTGGCAGATTGATGAAGCGAATAACACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGGAAAGTGATTCAGGACGGCGATCTGGATGTCAGCGGCGGCGGTCACGGTATTGATATCACCGGTGACAGCGCGACGGTGGATAACAAGGGCACCATGACCGTCACCGATCCGGAGTCCATGGGTATCCAGATCGACGGTGACAAGGCCATCGTCAATAACGAAGGCGAGAGCACCATCACCAACGGTGGCACCGGCACCCAGATTAATGGTGATGACGCCACGGCAAACAACAACGGCAAAACCACCGTTGACGGCAAGGATTCCACCGGTA > NC_000913/1465856‑1466409 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |