| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,617,465 | A→G | 6.5% | T146T (ACA→ACG) | ydeA → | arabinose efflux transporter, arabinose‑inducible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,617,465 | 0 | A | G | 6.5% | 190.9 / 3.0 | 62 | T146T (ACA→ACG) | ydeA | arabinose efflux transporter, arabinose‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/31); new base G (2/2); total (29/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
CATCATGTTGACCATTTACGCATGGGTAGTAGCGCTAATGTCATTGCCTTTTATGTTAATGACCAGTCAGGTTGAACGGCGCAAATTACTGATCTGCCTGTTTGTGGTGTTTATTGCCAGCCACGTACTGTCGTTTTTGTCGTGGAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTCGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCTCCGGCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACGGCATACAGCTATATCGAGCCTTTTGTACAAAACAT > NC_000913/1617180‑1617743 | catcatGTTGACCATTTCCGCATGGGTAGTAGCGCTAATGTCATAGCCTTTTATGTTAATGACCAGTCAGGTTGAACGGCGCAAATTACTGATCTGCCTGTTTGTGGTGTTTATTGCCAGCCACGTACTGTCGTTTTTGTCGTGGAGCTTTACCGTTCTGGTGATCCGCCGCATGGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCGGGTCGCTTACGGCTGCTCTGGCGTTCCGTCTGGCTCCGGCTGCGATGCGAGCCAAGGACTTGAGTCACATTGTAACCGCTACAGc > 2:570504/1‑288 (MQ=255) atcatGTTGACCATTTACGCATGGGTAGTAGCGCTAATGTCATTGCCTTTTATGTTAATGACCAGTCAGGTTGAACGGCGCAAATTACTGATCTGCCTGTTTGTGGTGTTTATTGCCAGCCACGTACTGTCGTTTTTGTCGTGGAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTCGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCTCCGGCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCa < 1:648852/288‑1 (MQ=255) tGTTGACCATTTACGCATGGGTAGTAGCGCTAATGTCATTGCCTTTTATGTTAATGACCAGTCAGGTTGAACGGCGCAAATTACTGATCTGCCTGTTTGTGGTGTTTATTGCCAGCCACGTACTGTCGTTTTTGTCGTGGAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTTGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCTCCTGCCGGGAAGCGAGCACGGGCATTGACTTTAATTGCTACCGGTCCAGCACTggg > 2:562356/1‑288 (MQ=255) ttGACCATTTACGAATGGGTGGTAGCGCTAATTTCATTTCCTTTTATGTTAATGACCAGTCAGGTTGAACGGCGCAAATTACTGATCTGCCTGTTTGTGGTGTTTATTGCCAGCCACGTACTGTCGTTTTTGTCGTGGAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTCGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCTCCGGCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGa < 2:203068/289‑1 (MQ=255) tGGGTAGTAGCGCTAATGTCATTGCCTTTTATGTTAATGACCAGTCAGGTTGAACGGCGCAAATTACTGATCTGCCTGTTTGTGGTGTTTATTGCCAGCCACGTACTGTCGTTTTTGTCGTGGAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTCGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCCCCGGCCGGGAAGCGCGCACCGGCATGGGCTTTACTTGCCACAGGTACAGTACTTGGGAGTGTCTCGGGTTTa > 2:522698/1‑288 (MQ=255) gcgcTAATGTCATTGCCTTTTATGTTAATGACCAGTCAGGTTGAACGGCGCAAATTACTGATCTGCCTGTTTGTGGTGTTTATTGCCAGCCACGTACTGTCGTTTTTGTCGTGGAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTCGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCTCCGGCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCCCCGGTACAGCACTGGCGAGGGTCTGAGGTTTACATATCGGgc > 2:414389/1‑289 (MQ=255) gcTAATGTCATTGCCTTTTATGTTAATGACCAGTCAGGTTGAACGGCGCAAATTACTGATCTGCCTGTTTGTGGTGTTTATTGCCAGCCACGTACTGTCGTTTTTGTCGTGGAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTCGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCTCCGGCCGGGACGCGAGCACAGGCCTTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTTCCGGgcc > 2:92087/1‑287 (MQ=255) 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cGGCGCAAATTACTGATCTGCCTGTTTGTGGTGTTTATTGCCAGCCACGTACTGTCGTTTTTGTCGTGGAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTCGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCTCCGGCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGa > 1:272470/1‑289 (MQ=255) ggggcAAATTACTGATCTGCCGGTTTGTGGTTTTTATTGCCAGCCACGTACTGTCGTTTTTGTCGTGGAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTCGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCTCCGGCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTGTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGAt < 2:473105/286‑1 (MQ=255) ggCGCAAATTACTGATCTGCCTGTTTGTGGTGTTTATTGCCAGCCACGTACTGTCGTTTTTGTCGTGGAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTCGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCTCCGGCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGAt < 1:522698/289‑1 (MQ=255) 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cTGATCTGCCTGTTTGTGGTGTTTATTGCCAGCCACGTACTGTCGTTTTTGTCGTGGAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTCGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCTCCGGCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTgggg < 1:64129/289‑1 (MQ=255) ccTGTTTGTGGTGTTTATTGCCAGCCACGTACTGTCGTTTTTGTCGTGGAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTCGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCTCCGGCCGGGAAGCGAGCCCAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGCTGGTCTTAGGCTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTAt > 1:607410/1‑288 (MQ=255) ccTGTTTGTGGTGTTTATTGCCAGCCACGTACTGTCGTTTTTGTCGTGGAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTCGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCTCCGGCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGCGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGCCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCGTCTTCGCGATTGGTATTGGGTCGCTTAta > 2:713220/1‑288 (MQ=255) 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tCGTTTTTGTCGTGGAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTCGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCTCCGCCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACCGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCCTTGTGGGCCAGTTTTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATGGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTTCCAGATTAAGTTTCTTCACtt > 2:287211/1‑287 (MQ=255) gAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTCGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCTCCGGCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCa < 1:258067/288‑1 (MQ=255) gAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTCGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCTCCGGCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTCGCGCTGGTCTTAGGTTTCGCTCTCGGGCGCATTGTGCGCCAGTATTTCGGTTGTCGACTGACCTTCTTCGCGATTGGTATGGGGGCGCGTATCACGCTTTCGTGTCTGACTTATTTCCTTCCATCACTGCCCAGTGATCAt > 2:547534/1‑289 (MQ=255) 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tATGGCTCCGGCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGc > 1:460893/1‑288 (MQ=255) gggCTCCGGCCTGGAAGCAGGACCAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGAATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCa < 2:523872/288‑1 (MQ=255) ccggccggGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACGGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTaca < 2:666304/289‑1 (MQ=255) ccggccggGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTaca < 2:195252/289‑1 (MQ=255) ccggccggGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTaca < 1:92087/289‑1 (MQ=255) cggccggGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTacac > 1:620530/1‑289 (MQ=255) 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tAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACGGCATACAGCTATATCGAGCCTTTTGTACa > 2:661782/1‑289 (MQ=255) ccACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACGGCATACAGCTATATCGAGCCTTTTGTACAAAACAt > 1:640022/1‑289 (MQ=255) ccACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAAAGACCTTCTTCGCGATTGCTAGTGGGGCGCTTATCACGCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCCCTGAAAAGCCTCCCGCTATTTTTCCTCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCCTTACACGGCATGCAGCTATATCGAGCCTTTGTTACAAAACAt > 2:110778/1‑289 (MQ=255) | CATCATGTTGACCATTTACGCATGGGTAGTAGCGCTAATGTCATTGCCTTTTATGTTAATGACCAGTCAGGTTGAACGGCGCAAATTACTGATCTGCCTGTTTGTGGTGTTTATTGCCAGCCACGTACTGTCGTTTTTGTCGTGGAGCTTTACCGTTCTGGTGATCAGTCGCATTGGTGTGGCTTTTGCACATGCGATTTTCTGGTCGATTACGGCGTCTCTGGCGATCCGTATGGCTCCGGCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACGGCATACAGCTATATCGAGCCTTTTGTACAAAACAT > NC_000913/1617180‑1617743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |