| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 292,362:1 | +C | 6.3% | coding (587/627 nt) | yagK ← | CP4‑6 prophage; conserved protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 292,362 | 1 | . | C | 6.3% | 256.4 / 11.6 | 63 | coding (587/627 nt) | yagK | CP4‑6 prophage; conserved protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (27/32); new base C (2/2); total (29/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
CATTCTGATGCTTACAGGCGAATCGAATCTGTCGCCGAAGTAAAGGGTAAATTACGAGTGTTAGATTTGAAACGGCAGGATGTGCAGGATGCTGTTGCTACCGCTGAAAATGCAGAAACGTTATTTAGTAGCGGACTTGCTGATGACTATCAGTAAT‑CTATAGAAAATTGCGTAACGAAACTGCATTTTAGTAATTTTTTGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑CACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGGAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAGGTGGTAGTAAGCGTCTTTGTTGAACAACAGGCAAATGTGATAGTGGCAT > NC_000913/292076‑292631 | catTCTGATGCTTACAGGCGAATCGAATCTGTCGCCGAAGTAAAGGGTAAATTACGAGTGTTAGATTTGAAACGGCAGGATGTGCAGGATGCTGTTGCTACCGCTGAAAATGCAGAAACGTTATTTAGTAGCGGACTTGCTGATGACTATCAGTAAT‑CTATAGAAAATTGCGTAACGAAACTGCATTTTAGTAATTTTTTGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑c > 2:350950/1‑288 (MQ=255) ttCTGATGCTTACAGGCGAATCGAATCTGTCGCCGAAGTAAAGGGTAAATTACGAGTGTTAGATTTGAAACGGCAGGATGTGCAGGATGCTGTTGCTACCGCTGAAAATGCAGAAACGTTATTTAGTAGCGGACTTGCTGATGACTATCAGTAAT‑CTATAGAAAATTGCGTAACGAAACTGCATTTTAGTAATTTTTTGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑CAcc > 1:314105/1‑289 (MQ=255) tACAGGCGAATCGAATCTGTCGCCGAAGTAAAGGGTAAATTACGAGTGTTAGATTTGAAACGGCAGGATGTGCAGGATGCTGTTGCTACCGCTGAAAATGCAGAAACGTTATTTAGTAGCGGACTTGCTGATGACTATCAGTAAT‑CTATAGAAAATTGCGTAACGAAACTGCATTTTAGTAATTTTTTGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑CACCAAACACttt > 2:526999/1‑288 (MQ=255) atcgaatcTGTCGCCGAAGTAAAGGGTAAATTACGAGTGTTAGATTTGAAACGGCAGGATGTGCAGGATGCTGTTGCTACCGCTGAAAATGCAGAAACGTTATTTAGTAGCGGACTTGCTGATGACTATCAGTAAT‑CTATAGAAAATTGCGTAACGAAACTGCATTTTAGTAATTTTTTGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑CACCAAACACTTTGCTTTCAAc < 1:299723/288‑1 (MQ=255) 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ttgtaaCTGAGAATGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑CACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGGAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAggt < 2:503643/284‑1 (MQ=255) tctcACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑CACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGGAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAggtg > 1:374712/1‑289 (MQ=255) ctcACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACATGTCGAGTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCGT‑‑CACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGGAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCCCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAggtgg < 2:716852/289‑1 (MQ=255) ctcACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑CACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGGAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCTAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAggtgg > 2:76026/1‑289 (MQ=255) ctcACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑CACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGGAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGatca < 1:285823/248‑1 (MQ=255) ctcACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑CACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGGAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGatca > 2:285823/1‑248 (MQ=255) ctcACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑CACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGGAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAggtgg > 1:117398/1‑289 (MQ=255) ctcACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑CACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGGAAGTAAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAACATGGACCTGACCCGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGAGCTCTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTAACGTCCTGACCGTAATCTCCGAggtgg > 2:658973/1‑289 (MQ=255) tcACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑CACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGGAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAggtggt < 1:380970/289‑1 (MQ=255) agaAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑CACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGGAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAGGTGGTAGTaa > 1:647913/1‑288 (MQ=255) gTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑CACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGGAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAGGTGGTAGTAAGCGTCTTTGTTGAACAACAGGCa > 2:173550/1‑289 (MQ=255) gCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑CACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGGAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAGGTGGTAGTAAGCGTCTTTGTTGAACAACAGGCAAATGTGATAGTGGCAt > 2:703470/1‑289 (MQ=255) | CATTCTGATGCTTACAGGCGAATCGAATCTGTCGCCGAAGTAAAGGGTAAATTACGAGTGTTAGATTTGAAACGGCAGGATGTGCAGGATGCTGTTGCTACCGCTGAAAATGCAGAAACGTTATTTAGTAGCGGACTTGCTGATGACTATCAGTAAT‑CTATAGAAAATTGCGTAACGAAACTGCATTTTAGTAATTTTTTGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTT‑‑CACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGGAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAGGTGGTAGTAAGCGTCTTTGTTGAACAACAGGCAAATGTGATAGTGGCAT > NC_000913/292076‑292631 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |